В начале 1906 года из Москвы и Харбина в Читу двинулись карательные эшелоны. С войсками шёл генерал А. Н. Меллер-Закомельский. На станции Борзя военно-полевым судом были осуждены шесть человек. Из них пятеро были приговорены к тюрьме общего режима, но наказание они отбывали на Нерчинской каторге.
Польский дворянин Витольд Эрдман, работавший машинистом на станции Борзя, был осуждён на три месяца тюрьмы за то, что в пьяном виде на вокзале выкрикивал оскорбления в адрес императора.
Среди осуждённых были: санитарный десятник службы пути К. М. Зезюкевич, машинисты И. И. Ясинский, столяр А. П. Королёв, конторщик К. К. Падалко, мастер депо И. А. Шилко и начальник участка В. В. Окончиц. Ясинский и Шилко раздавали рабочим локомотивного депо украденное оружие, призывая к ниспровержению государственного строя.
22 января 1906 года руководство восставших в лице комитета РСДРП, узнав о жёстких методах Ренненкампфа, приняло решение не оказывать сопротивления. Чита разоружилась. Так закончились два месяца Читинской республики. Были арестованы почти все нижние чины 3-го резервного железнодорожного батальона, при аресте был убит офицер батальона подпоручик Иващенко.
2 марта 1906 года на 2-й Огородной улице (ныне улица Революции 1905 года) прошла публичная казнь революционеров. Были расстреляны Костюшко-Валюжанич, Ванштейн Исай Аронович, Цупсман Эрнст Видович, помощник начальника станции Чита-вокзал Николай Антонович – руководитель вооружённых дружин Читы, Столяров Прокопий Игнатьевич – он хранил на своей квартире оружие. Курнатовский был приговорён к расстрелу, но затем приговор был заменён на каторгу.
В декабре 1906 года была обезврежена полицией боевая организация «Забайкальская федерация групп вооружённого восстания». Дмитрий Кривоносенко был схвачен властями только в 1908 году.
После того как его отца казнили, он потерял рассудок. По настоянию тюремного начальства он неоднократно проходил психиатрическую экспертизу. Однако это не повлияло на его революционную деятельность.
В январе—феврале 1906 года все революционные группы к востоку от озера Байкал были подавлены, но политические дискуссии продолжались в подполье и в соседних странах.
Многие активисты революции эмигрировали в Японию. Военный врач Михаил Александрович Кудржинский рассказывал, что они с другими интеллектуалами обсуждали перспективы автономии Уссурийского края. Однако позиция горожан, многие из которых зарабатывали на военных контрактах, и большинства крестьян, которые всё ещё были изолированы от политических дебатов, заставила их усомниться в этих планах.
В то время было много дискуссий об автономии во Владивостоке, а также позже в Нагасаки. Николай Константинович Судзиловский, известный как Николас Рассел, обрушился на них с критикой, заявив, что они упустили такую блестящую возможность заложить фундамент «Сибирских Соединённых Штатов».
Николай Судзиловский, он же Николас Рассел, был народовольцем, политическим эмигрантом, американским гражданином и богатым человеком, а также демократически избранным президентом сената Гавайских островов.
Члены Гавайского сената оказались некомпетентными политиками, а проводимые ими реформы – безграмотными. Экономика островов пришла в упадок. После этого Судзиловский уехал в Японию. Там он проводил революционную агитацию среди русских военнопленных, прикрываясь врачебной практикой, пока японцы не выслали его из страны. По просьбе российского правительства он был лишён американского гражданства.
Ещё в середине XIX века Бакунин, Герцен и другие радикалы приветствовали присоединение Амурской и Уссурийской территорий в 1858—1860 годах, утверждая, что река Амур отделит Сибирь от консервативной столицы и поможет импортировать «демократию» из-за Тихого океана.