После расстрелов на станции Мысовой Бабушкина, в Борзе Попова-Коновалова, в Чите на Титовской сопке Костюшкор-григоровича, Столярова, Цупсмана, Ванштейна рядовые революционеры отбывали наказание в Акатуе и Горном Зерентуе. Многие ушли в подполье, но не оставили своей антигосударственной деятельности. 29 марта 1907 года в Чите была обнародована прокламация «Сибиряки!», подписанная некой Партией сибирской независимости. В этом воззвании говорилось: «Мы призываем всех, кому дорога отчизна, встать под наши знамёна в борьбе за идею сибирской независимости».

3 июня 1907 года император Николай II распустил оказавшуюся неэффективной и состоящей из разномастных радикалов Государственную Думу второго созыва.

В депутаты этой Думы безуспешно баллотировался и Владимир Ульянов (Ленин).

После роспуска Думы большевики окончательно ушли в подполье.

В Забайкалье же РСДРП начала кропотливую работу по собиранию и наращиванию новых революционных сил. В Читинских железнодорожных мастерских вновь усилилась вербовка сторонников революции, велась активная пропаганда среди рабочих. При этом следуя заветам Ленина, читинские революционеры сочетали как легальные, так и нелегальные способы борьбы с властью.

Ячейки РСДРП постепенно восстанавливались и в других населённых пунктах Забайкалья.

Их наличие и влияние в рабочей среде и среди служащих железной дороги было вынуждено признать и Охранное отделение.

6 июля 1907 года помощник начальника Иркутского жандармского управления по Забайкальской области в своём служебном донесении губернатору писал:

«В настоящее время социал-демократическая организация в Чите и Забайкалье является первой по числу членов и тому пространству, на которое она раскинула свои сети. Нет уголка в Забайкалье, где бы не было члена РСДРП, осторожно и умно ведущего свою преступную пропаганду».

Забайкальские власти делали выводы и усиливали репрессии.

В конце 1907 года полиции удалось захватить ядро Читинской организации РСДРП. Были арестованы Иннокентий Бабайлов, Моисей Губельман, Василий Чаплинский. После длительного разбирательства, приговор им был вынесен 10 июня 1908 года.

Иннокентий Бабайлов был осуждён на 8 лет, остальные – к различным срокам. В 1908 году благодаря сотрудничеству со следствием арестованных были схвачены и другие члены РСДРП – Иван Сильвестрович Бабайлов и сотрудник газеты «Забайкальская новь» С. П. Топорков.

Обыски и аресты следовали один за другим. 18 октября 1907 года жандармы произвели обыски на трёх квартирах в Чите. Как свидетельствуют протоколы, были обнаружены листы с данными о поступлениях денежных сумм в кассу Читинской организации РСДРП, отчёт о партийном заседании в сентябре, письма ЦК РСДРП, адреса, на которые поступала нелегальная литература, вопросник по изучению Эрфуртской программы.

В ходе обысков, проведённых на станции Оловянная, были обнаружены материалы, свидетельствующие о том, что Читинская организация РСДРП поддерживала связь с рядом ячеек в Оловянной, Борзе и Маньчжурии.

Известно, что комитет РСДРП в Чите также поддерживал связь с товарищами из Нерчинска и Сретинска. Несмотря на жёсткие меры, предпринятые Рененкамфом, подпольщики продолжали действовать и в Борзе.

Это вызывало беспокойство у властей. В предписании губернатора полиции и жандармерии говорилось:

«Предписываю продолжать строгое наблюдение за появлением во вверенном нам районе каких бы то ни было тайных организаций и обществ. О результатах действий доносить мне немедленно».

В комитете РСДРП наблюдался раскол. Меньшевики считали, что революция завершилась, и подпольную организацию в Чите необходимо распустить, а действовать исключительно в рамках закона легальными методами. Этому способствовали реформы, проведённые императором, и наличие молодого и неопытного парламента – Государственной Думы.