Для достижения поставленных целей законодательно закреплены способы осуществления государственного регулирования деятельности в морском порту. Их перечень не является закрытым и включает 14 пунктов. К наиболее часто применяемым из них относятся следующие:

– издание нормативных правовых актов по вопросам, связанным с осуществлением и развитием деятельности в морском порту, эксплуатацией объектов инфраструктуры морского порта;

– лицензирование отдельных видов деятельности, осуществляемых в морском порту;

– техническое регулирование в морском порту;

– установление ставок портовых сборов и тарифов на услуги в морском порту, оказываемых субъектами естественных монополий;

– установление порядка сдачи в аренду имущества в морском порту, находящегося в государственной собственности;

– открытие и закрытие морского порта для оказания услуг;

– возложение обязанности по оказанию отдельных видов услуг или наложение запрета на оказание отдельных видов услуг на операторов морских терминалов, иных владельцев инфраструктуры морского порта в установленных случаях;

– осуществление в морском порту государственного контроля (надзора);

– создание условий для равного доступа операторов морских терминалов и перевозчиков к объектам инфраструктуры морского порта;

– осуществление навигационно-гидрографического обеспечения на подходах к морскому порту и в морском порту;

Среди перечисленных способов регулирования деятельности в морском порту такой способ, как осуществление в морском порту государственного контроля (надзора) закреплен в ст. 8.1. ФЗ № 261. Согласно этой статье указанный государственный контроль (надзор) осуществляют уполномоченные федеральные органы исполнительной власти и капитаны морских портов Его цель заключается в обеспечении соблюдения в морском порту требований, установленных в соответствии с международными договорами Российской Федерации, а также федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации в области торгового мореплавания, транспортной безопасности, охраны окружающей среды, санитарно-эпидемиологического благополучия населения, ветеринарии, карантина растений, охраны труда, безопасности гидротехнических сооружений морских портов.

При выполнении контрольных (надзорных) функций компетентные федеральные органы исполнительной власти и капитаны морских портов руководствуются теми средствами, методами и соответствующим порядком, которые установлены для них Правительством Российской Федерации. При этом в своей деятельности они не вправе создавать препятствия для осуществления не запрещенной законом деятельности в морском порту или возлагать на лиц, осуществляющих такую деятельность, исполнение каких-либо обязанностей, не предусмотренных действующим законодательством.

Государственный портовый контроль имеет своей целью обеспечение безопасности мореплавания и порядка в морском порту. Он возложен на капитана морского порта. Правовой статус капитана морского порта, круг его полномочий, задачи и функции определяются положением о капитане морского порта, которое утверждается федеральным органом исполнительной власти в области транспорта.

В рамках закреплённых полномочий, капитан морского порта выполняет ряд контрольных функций. Так, он контролирует соблюдение международных договоров Российской Федерации, относящихся к торговому мореплаванию, а также действующего законодательства Российской Федерации о торговом мореплавании. Капитан морского порта контролирует соблюдение требований относительно порядка захода судов в порт и их выхода из порта. На него возложен контроль за деятельностью лоцманской службы и системой управления движения судов, а также за ледокольной проводкой судов на подходах к порту и в пределах акватории порта.