Агентство организует проведение работ, связанных с деятельностью морского транспорта. Это, в частности, работы по предупреждению и ликвидации разливов нефти и нефтепродуктов в море и на объектах морского транспорта, по навигационно-гидрографическому обеспечению условий плавания судов в акваториях морских портов, на трассах Северного морского пути, по организации мероприятий, касающихся защиты морского судоходства от незаконных актов, которые направлены против безопасности мореплавания.

Агентство осуществляет также оформление и выдачу паспортов моряка (удостоверение личности моряка) членам экипажа морских судов и судов смешанного (река-море) плавания в установленных случаях; выдачу заключений по вопросам привлечения иностранных работников для работы в составе экипажей морских судов, плавающих под Государственным флагом Российской Федерации; установление категорий средств навигационного оборудования и сроков их работы, гарантированных габаритов судовых ходов, а также сроков работы судоходных гидротехнических сооружений; выполнение функций головной организации, ответственной за создание и функционирование Глобальной морской системы связи при бедствии и для обеспечения безопасности. Кроме того, Агентство осуществляет функции государственного заказчика федеральных целевых, научно-технических и инновационных программ и проектов в установленной сфере деятельности. Наконец, оно взаимодействует с органами государственной власти иностранных государств и международных организаций в установленной сфере деятельности.

Следует иметь в виду, что Агентство не вправе осуществлять нормативно-правовое регулирование в установленной сфере деятельности и функции по контролю и надзору, кроме установленных случаев.

Кроме рассмотренных государственных управленческих структур отдельные управленческие функции по некоторым вопросам деятельности морского транспорта могут осуществлять и другие федеральные органы исполнительной власти. Так, навигационно-гидрографическое обеспечение морских путей, за исключением акватории Северного морского пути и морских путей в акваториях морских портов и на подходах к ним осуществляет федеральный орган исполнительной власти в области обороны. А навигационно-гидрографическое обеспечение в акватории Северного морского пути и в акваториях морских портов и на подходах к ним осуществляет федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции по оказанию государственных услуг и управлению государственным имуществом в сфере морского транспорта.

Элементами управления торговым мореплаванием являются государственный надзор за ним, государственное регулирование деятельности в морском порту, обеспечение безопасности торгового мореплавания.

Государственный надзор за торговым мореплаванием урегулирован КТМ. В его ст. 6 указывается, что государственный надзор за соблюдением международных договоров Российской Федерации, относящихся к торговому мореплаванию, и законодательства Российской Федерации о торговом мореплавании осуществляется федеральным органном исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере транспорта. Как уже отмечалось ранее, этот орган именуется в настоящее время Федеральной службой по надзору в сфере транспорта (Ространснадзор). В соответствии с п. 3 ст. 6 КТМ он осуществляет расследование аварий или инцидентов на море. При этом Ространснадзор руководствуется положением, утвержденным федеральным органом исполнительной власти в области транспорта по согласованию с федеральным органом исполнительной власти в области рыболовства и федеральным органом исполнительной власти в области обороны.