Ряд нормативных правовых актов регулирую вопросы порядка организации службы на морских судах, осуществления проверок судов, подготовки необходимых документов для осуществления рейдовых заданий, проверок судов, порядка учета портового контроля и некоторых других вопросов. Это, в частности, устав службы на морском транспорте; порядок разработки в отношении судна плана чрезвычайных мер по предотвращению загрязнения с судов нефтью; акты, устанавливающие порядок подготовки и содержание плановых заданий, порядок назначения проверок судов и иных плавучих объектов, порядок централизованного учета результатов государственного портового контроля и некоторые другие вопросы.

Следующая важная функция Министерства транспорта РФ заключается в осуществлении координации и контроля деятельности находящихся в его ведении Федеральной службы по надзору в сфере транспорта и федеральных агентств соответствующих видов транспорта, в том числе Федерального агентства морского и речного транспорта.

Ряд функций Министерства транспорта РФ связан с морскими судами. Среди них, установление порядка присвоения судам названий, утверждение правил регистрации судов и прав на них в морских торговых портах, решение о предоставлении права плавания под Государственным флагом Российской Федерации судам, зарегистрированным в реестре судов иностранного государства и некоторые другие.

Органом, осуществляющим контрольные и надзорные функции в сфере деятельности всех видов транспорта, в том числе и морского, включая морские порты, является Федеральная служба по надзору в сфере транспорта (Ространснадзор). Она находится в ведении Министерства транспорта РФ. Применительно к морскому транспорту Служба надзирает за соблюдением законодательства Российской Федерации, в том числе и международных договоров, входящих в ее правовую систему, о торговом мореплавании. Речь идет о разных видах его деятельности и касается вопросов транспортной безопасности, обеспечения пожарной безопасности при эксплуатации морских судов, осуществления в соответствии с законодательство Российской Федерации лицензирования отдельных видов деятельности морского транспорта, организации регистрации морских судов, присвоения рейсам морских судов при перевозке высших должностных лиц Российской Федерации и иностранных государств определенного Федеральной службой охраны РФ статуса литерных, контроль за соответствием установленным требованиям соответствующих функциональных подсистем единой государственной системы предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций, согласования строительства в зоне действия средств навигационной обстановки морских путей.

В соответствии с Положением о Федеральной службе по надзору в сфере транспорта2 данная Служба не вправе осуществлять в установленной сфере деятельности нормативно-правовое регулирование, функции по управлению государственным имуществом и оказанию платных услуг, кроме указанных случаев.

Следующим органом государственного управления в области морского транспорта является Федеральное агентство морского и речного транспорта. Как следует из названия в сферу его деятельности входит и речной транспорт. Применительно к морскому транспорту основные функции Федерального агентства заключаются в оказании государственных услуг и управлении государственным имуществом этого транспорта (включая морские торговые, рыбные и специализированные порты) .

Агентство находится в ведении Министерства транспорта РФ.

Основные его полномочия заключаются в следующем. Агентство проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров для своих нужд, а также на проведение научно-исследовательских работ для государственных нужд в установленной сфере. Оно осуществляет в установленном порядке полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для осуществления возложенных на Агентство функций, в том числе имущества, переданного подведомственным ему федеральным государственным предприятиям и государственным учреждениям.