Также в стиле раннего барокко был построен Чернинский дворец в Градчанах. Другие раннебарочные здания в Праге возводились прежде всего для религиозных нужд. Среди наиболее грандиозных сооружений того времени можно отметить Клементинум, построенный орденом иезуитов.

После окончания Тридцатилетней войны, принесшей огромные потери Европе, и в первую очередь – Чехии, Прага стала совсем другой. Город утратил положение одной из ведущих европейских столиц. Важнейшую роль в истории города на протяжении последующих столетий стала играть немецкая культура.

Государственным языком в Чехии стал немецкий, на нем велось все делопроизводство. Чешская аристократия тоже стала пользоваться немецким, а национальный язык остался языком только низших слоев городского и сельского населения.

Немалое влияние немецкая культура оказала и на стиль барокко. Главную роль в этом сыграли католические священнослужители, воспользовавшиеся тем, что после длительной войны в стране возникла всеобщая неуверенность в будущем. Католическая пропаганда стала более агрессивной, основой ее стала вера в божественное провидение. Искусство барокко по своему эмоциональному воздействию во многом соответствовало целям католиков, поэтому широко применялось, прежде всего в строительстве новых храмов. Однако, несмотря на это, было бы ошибочно считать, что культура барокко была только одним из средств Контрреформации. Вначале этот стиль был чужеродным для Праги и других чешских городов, однако к концу XVII в. он занял главенствующее место и даже приобрел характерные черты чешского национального искусства.

Барокко отличала монументальность, пышность, большое внимание к деталям. Интерьеры барочных зданий выделялись некоторой театральностью оформления, затейливым декором. Прямые линии, свойственные искусству Ренессанса, уступили место округлым, сложным переплетениям узоров, обладающим некоторой напряженностью и в то же время изяществом. Задачей художников и зодчих барокко было поразить зрителя необычностью пространственных решений и яркостью образов, что отвечало абсолютистским устремлениям государства и церкви. Широкое использование позолоты и превращение потолка, украшенного фресками, в большое иллюзионное пространство не подавляло человека, как готическое искусство, но восхищало его величественностью и красотой.

Возобновившееся с середины XVII в. строительство в Праге постепенно возвращалось к прежним масштабам. До конца XVII в. в городе были построены новые монастыри, костелы, дворцы, а также обновлены старые здания, например костелы Св. Якова, Св. Гавела, Св. Иуды и Св. Симеона. Период барокко отмечен деятельностью в Праге видных архитекторов – таких как Килиан Игнац Динценгофер (1689–1751), Жан Баттист Матей (ок. 1630–1695), Джованни Баттист Аллипранди (1665–1720), Карло Лураго (1615–1684), Ян Блажей Сантини-Айхль (1677–1723), Иоган Бернард Фишер фон Эрлах (1656–1723), Франтишек Максимилиан Канька (1674–1766).

Чешское барокко примечательно тем, что все элементы в нем существуют в органичной взаимосвязи друг с другом и окружающим пространством. Городские постройки периода барокко обязательно сочетались с окружающими их зданиями, улицами, площадями, образуя гармоничные ансамбли.

В период господства барокко огромное значение приобрели скульптура и живописное оформление зданий. В Праге творили выдающиеся живописцы и скульпторы: Матей Вацлав Йекл (Якель) (1655–1738), Матиаш Бернард Браун (1684–1738), Ян Йиржи Бендл (ок. 1620–1680), Игнац Франтишек Платцер (1717–1787). Мастера Ян Брокоф (1652–1718), Браун и Платцер создали замечательные пластичные скульптуры, которые и поныне украшают многие здания в городе.