После этого в Праге было избрано правительство из 30 директоров. Руководители восстания надеялись, что им окажут поддержку Нидерланды и Протестантская уния в Германии, однако на стороне восставших выступил только один из протестантских князей – курфюрст Фридрих Пфальцский (1596–1632 гг., король Чехии в 1619–1620 гг.).

В марте 1618 г. император Матиас умер, после чего на сейме в Праге сословия отказались признать его наследника Фердинанда II чешским королем и избрали на его место Фридриха Пфальцского. Однако Фердинанд II был избран императором Священной Римской империи.

Почти сразу интересы нового правительства и королевских городов разошлись, так что в 1619 г. пражские горожане потребовали немедленного восстановления всех прав и привилегий, которые были ликвидированы после восстания в 1547 г.

Положение осложнилось тем, что большинство в войсках восставших составляли наемники, которым не только были чужды идеи протестантов, но и регулярно задерживалось жалованье, из-за чего они периодически грабили жителей Праги и других городов, а также сельское население Чехии.

Войска императора, которым оказывала поддержку Испания и папа римский, наоборот, усилились и в 1620 г. начали наступление на Чехию. 8 ноября 1620 г. произошло сражение у Белой Горы, завершившееся поражением восставших. Это сражение стало переломным моментом в войне. Чехия после этого утратила самостоятельность и, хотя формально оставалась королевством, оказалась в полной власти Габсбургов.

Тридцатилетняя война, продолжавшаяся с 1618 по 1648 г., оказала огромное влияние на историческое развитие Европы. Вторую пражскую дефенестрацию королевских наместников в мае 1618 г. принято считать началом Тридцатилетней войны, в которую оказались втянутыми большинство европейских стран. Кроме того что начало конфликта было непосредственно связано с ситуацией в Чехии, в первые годы война шла преимущественно на ее территории. Именно поэтому первый период Тридцатилетней войны называется чешским.

Основной причиной Тридцатилетней войны была политика австрийских и испанских Габсбургов, стремившихся захватить власть в большей части Европы и получить большее влияние на международной арене. Против Габсбургов выступили Нидерланды, Франция, Дания, Швеция и др. Во время первого и второго периодов войны – чешского и датского, военная ситуация складывалась по большей части в пользу габсбургской коалиции, и это отрицательно сказывалось на положении Чехии.

В 1623 г. Чехия была оккупирована войсками императора, что вызвало массовую эмиграцию протестантского населения. Количество проживающих в Чехии людей сократилось на четверть, а население Праги уменьшилось вдвое.

На чешских землях наиболее болезненно отразилась политика террора и устранения инакомыслящих, проводившаяся Габсбургами. Сразу же после поражения у Белой Горы в Праге состоялась показательная казнь руководителей восставших. Двадцать семь человек, в числе которых был и ректор Пражского университета Ян Есенский (1566–1621), были казнены на Староместской площади.

Контрреформационная политика и жестокое притеснение чехов стали причиной того, что весь период Тридцатилетней войны остался в истории страны как «эпоха тьмы». Из Праги и вообще из Чехии были вынуждены уехать многие видные деятели искусства и науки: всемирно известный педагог Ян Амос Коменский (1592–1670), магистр Пражского университета Павел Странский (1583–1657), многие музыканты, композиторы, художники.

Ян Амос Коменский

Результатом Тридцатилетней войны стало превращение Праги из столицы независимого государства, крупного культурного центра в провинциальный город большой империи, который к тому же из-за оттока населения и отмены всех привилегий стал испытывать огромные экономические и политические трудности. Во время оккупации Праги шведскими войсками шведского генерала Ганса-Христофа Кенигсмарка (1600–1663), которая считается заключительным событием Тридцатилетней войны, из города было вывезено множество культурных ценностей, в частности богатейшая коллекция произведений искусства, собранная Рудольфом II.