Вернувшись в Ростово-Суздальскую землю и изгнав оттуда своих братьев, посаженных на княжение Долгоруким, Андрей столкнулся с активным сопротивлением со стороны местного боярства. Тут-то и проявился властный, самодержавный характер Боголюбского. Он не терпел сепаратизма и своеволия бояр, был крут с ними и не останавливался перед жесткими мерами против них. Мало считался в своих действиях Андрей и с народным вече. Не сумев до конца подчинить себе прежнюю столицу княжества, он перенес ее во Владимир-на-Клязьме и стал ее деятельно обустраивать. В подражание отцу, построившему множество новых городов, Боголюбский возводит во Владимире новые стены, украшает их Золотыми и Серебряными воротами, закладывает там кафедральный Успенский собор. На месте впадения реки Нерли в Клязьму им была выстроена знаменитая церковь Покрова-на-Нерли, до сих пор считающаяся своего рода эталоном древнерусского белокаменного зодчества. А на месте самого села Боголюбова возводятся стены княжеского терема.

Андрей Боголюбский вел активную внешнюю политику. В 1162—1172 гг. он вместе с сыном ходил на Камскую Булгарию. В 1169 г. в составе дружин десяти русских князей он вторгся в пределы Киевского княжества, разбив войска киевского князя Мстислава. Он даже принял титул Великого князя, но в самом Киеве не остался. Передав Киевское княжество в правление брату Глебу, он вновь ушел во Владимир. Лишь в попытках присоединить к своему княжеству новгородские земли Андрея преследовали неудачи.

Таким образом, во Владимиро-Суздальском княжестве складывалась совершенно иная (по сравнению с Новгородской феодальной республикой) политическая традиция, главенствующую роль в которой играл сам князь. Остальные институты тогдашней власти – боярская дума и народное вече – играли подчиненную роль. Такой политический режим принято называть раннефеодальной монархией. Как правило, среди причин, приведших к установлению в Северо-Восточной Руси именно самодержавных традиций правления, называют обширность территории, распыленность населения и относительную неразвитость городской торгово-ремесленной жизни.

В 1173 г. в боярском окружении Боголюбского возник заговор. Во главе него, по причинам, изложенным выше, встали как раз и именно наследники Степана Кучки: бояре Петр и Андрей Кучка (зять и сын Степана), а также шурин Андрея Яким, «да Кучковичи – общим числом двадцать». Как утверждают некоторые источники, за заговором стояла и дочь Кучки Улита. Они «подкупили ключника Боголюбовского дворца Анбаля» и, благодаря содействию последнего, получили возможность реализовать свой план. Покушение состоялось в ночь на 28 июня 1174 г. Легенда гласит, что убийцы, проникнув во дворец, сначала спустились в винные погреба, там употребили спиртного и лишь потом подошли к спальне князя. Один из них постучал. «Кто там?» – спросил Андрей. «Прокопий!» – отвечал стучавший (это был один из его любимых слуг). «Нет, это не Прокопий!» – сказал Андрей, хорошо знавший голос своего слуги. Дверь он не отпер и бросился к мечу, но меч святого Бориса, постоянно висевший над княжеской постелью, был предварительно похищен предателем Анбалом. Выломав дверь, заговорщики бросились на князя. Сильный Боголюбский долго сопротивлялся. Наконец, израненный и окровавленный, он упал под ударами убийц. Злодеи подумали, что он мертв, и ушли – опять спустились в винные погреба. Князь очнулся и попытался скрыться. Его отыскали по кровавому следу. Увидев убийц, Андрей произнес: «Если, Боже, в этом мне сужден конец – принимаю его я». Палачи довершили свое дело.