По прошествии восьмидесяти лет, с возобновлением в обители иноческой жизни, по указанию родственников сарацина, наказанного слепотой, монахи обрели чудотворный образ совершенно невредимым. Незадолго перед кончиной, надеясь через раскаяние в совершённом им безумном поступке получить облегчение своей судьбе, злодей заповедал домочадцам отправиться на Святую Гору и открыть там брошенную в колодец икону Богородицы. После этого чудотворная икона с честью была вынута из колодца и отнесена в соборный храм.
Первое же чудо, согласно преданию, произошло от этой иконы во время строительства будущего монастыря, которое проводилось примерно в полуверсте от нынешних построек. Однажды ночью и икона, и все инструменты строителей пропали, а утром были найдены на месте современного расположения обители. И так повторялось раз за разом, пока, наконец, не стало очевидно, что Сама Пресвятая Владычица избирает именно то место для устройства обители.
Ещё одно великое чудо Богородица совершила во время страшного пожара 2 декабря 1948 года. В тот день дул ураганный ветер, быстро раздувавший огонь, и казалось, что пожар уже не остановить ничем. Он нанес монастырю серьёзный ущерб, уничтожив значительную часть северо-восточных построек. Братия вынесла икону и стала петь молитвы. Когда все приблизились к бушующему пламени, оно вдруг метнулось назад и полностью погасло. Над монастырём появилась туча, пролившая обильный дождь, окончательно потушивший огонь. Восстановлением обители занимался департамент по реставрационным работам Греции.
В настоящее время на территории монастыря расположены семь храмов, а также семь вне его. В Пантократоре кроме головного собора есть параклисы: Успения Пресвятой Богородицы, собора Архангелов, Вознесения Господня, святого пророка и Предтечи Иоанна, святителя Николая Чудотворца, святого Георгия Победоносца, святого великомученика и целителя Пантелеимона, Трёх святителей. В иконостасе параклиса Успения Пресвятой Богородицы можно поклониться ещё одной чудотворной иконе великомученика и Победоносца Георгия. Этот образ XVI века был перенесен в Пантократор в 1982 году из находящейся неподалеку кельи.
У монастыря множество подворий как в Греции, так и в Малой Азии и Валахии, чего не имеет ни один другой афонский монастырь. На пути между Пантократором и Кареей есть местечко под названием Капсала со множеством калив. Тридцать шесть из них принадлежат монастырю Пантократор. Кроме того, монастырь владеет пятнадцатью кельями в самой Карее и её окрестностях. Пантократору принадлежит келлия Успения Богородицы «Достойно есть», где, по преданию, святой Архангел Гавриил явился старцу перед иконой Богоматери и начертал молитву «Достойно есть» пальцем на камне.
В главном храме и церквях Пантократора хранятся многочисленные реликвии. Паломники приходят сюда, чтобы поклониться не только чудотворной и одной из наиболее почитаемых чудотворных на Афоне икон Богородицы Геро́нтисса – она считается покровительницей монастыря, – но и частицам хитона Спасителя, Животворящего Древа Креста Господня, фрагменту щита святого великомученика Меркурия Кесарийского. Одна их главных святынь – частицы руки и часть левой стопы святых апостолов Андрея Первозванного и Тита, главы святых великомучеников Феодора Стратилата и Прокопия.
Кроме этого, здесь хранятся частицы мощей мучениц Анастасии и Евфимии, мученика Артемия, равноапостольных Константина и Елены, святого Иоанна Предтечи. Персты мученика Трифона, святого Никифора, великомученицы Марины. Глава праведного Иоанна Милостивого, преподобного Иоанна Великого, святителей Василия Великого, Григория Богослова и Афанасия, патриарха Иерусалимского, святого бессребреника Космы. Мощи бессребреника Дамиана, святителя Игнатия Богоносца, преподобного Иоанникия Вифинского, преподобных отцов в Синае и Раифе избиенных. Частица руки Иоанна Златоустого, Афанасия Патриарха Константинопольского, священномучеников Антипы и Харалампия, мучеников Кирика и Иулитты, Евстафия Плакиды, Фотины Самаряныни. Части мощей святого первомученика и архидиакона Стефана, святого великомученика и целителя Пантелеймона, священномученика Ермолая, святой мученицы Митродоры и других святых.