Этим успехам он во многом обязан умелой династической политике, а именно бракам с раджпутскими князьями. Благодаря удачным бракам своих дочерей, раджпутские князья получали в иерархии моголов статус эмира, тем самым сохраняя свою индивидуальную антропосферу в виде владений, религии и семейно-клановых отношений. Таким способом Раджастхан, важная во всех отношениях территория, превратился из очага сопротивления в надёжный оплот государства. К 1580 г. число аристократов выросло до 222 с 51 человека в 1556 г. Если при начале правления Акбара все аристократы были неиндийцами, то теперь они составляли примерно половину. Акбару удалось то, что не удавалось в Индии никому до него: создать управление государством.

Государство Великих Моголов не испытывало недостатка в людских ресурсах. Д. Кей оценивает численность населения в 1600 г. в 140 млн человек. Столь значительные людские ресурсы обеспечивали изобилие товаров в эпоху Великих Моголов. Драгоценные металлы, которых в стране было много, но они не добывались индийцами в заметных количествах, а поступали в Индию благодаря внешней торговле. Обширная территория и благоприятный климат позволяли собирать богатый урожай. Впрочем, крестьянину от этого было не легче. Многочисленные сборщики дани разных рангов оставляли ему совсем немного – только чтобы не умереть от голода.

В правление Акбара и его преемников, Джихангира (1605—1627) и Шах-Джахана (1627—1658) в государстве царило спокойствие, которое во многом было следствием реформ раджи Тодар Мала, советника Акбара. Он добился введения единой системы мер и весов, определения налогов с учётом условий землепользования, налоги собирались специально назначенным чиновником в зависимости от цен и размера урожая. Эти меры обеспечили благоприятные условия для развития промышленности и торговли, роста населения и производительности труда. Дороги были безопасными и связывали столицы провинций с главными городами государства – Агрой, Дели и Лахором. Вокруг дворцов знати и, особенно, царских дворцов выросли колонии мастеровых, занимавшихся в основном производством предметов роскоши. Обширными были и поселения строителей, поскольку постоянно осуществлялись амбициозные архитектурные проекты. Важным новшеством во внешней торговле стало создание в 1600 г. Голландской Ост-Индской, а в 1602 г. Лондонской Ост-Индской компании. К 1640 г. эти компании прервали исторически сложившуюся монополию португальских торговцев. На европейских рынках появились индийские ткани и пряности, а к Великим Моголам потекло серебро.

Важной заслугой Акбара были его административные реформы, которые пережили его самого. Были созданы централизованная бюрократия и система военных чинов. Во главе первой стояли четыре министерства (доходов и финансов; по вопросам хозяйства и общественных работ; военных дел и разведки; религии и правосудия), а сам падишах перестал быть первым министром. Такая же структура управления была реализована и в провинциях. Чиновники получали жалованье, а высшие чиновники – наделы и воинские звания. В системе военных чинов ранг офицера связали с его званием, определявшим численность отряда на его содержании. Руководил системой падишах, она позволяла продвигаться по службе способным людям, и объединяла разнородную знать государства в единое целое.

Следующим правителем, при котором в государстве произошли существенные изменения, был Аурангзеб (1658—1707). При нём государство моголов распространилось на весь полуостров, кроме небольшой территории на самой оконечности полуострова. Несмотря на столь значительные территориальные приобретения последний поход Аурангзеба, начавшийся в 1682 г. не принёс спокойствия в государство, а, скорее, наоборот. Практически сразу после начала правления Аурангзеба у падишаха появился сильный соперник – Шиванджи, который возглавил сопротивление индийцев моголам. Борьба шла с переменным успехом, но в 1674 г. Шиванджи стал царём государства Маратха. После его смерти в 1680 г., его преемники Шамбхаджи (1680—1689), Раджарам (1689—1700) и царица Тарабай (1700—1707) продолжили сопротивление моголам. Поэтому целью похода было усмирение набравшего силу царства Маратха. Хотя земли маратхов подвергались разграблению, а их феодалы переходили на службу падишаху, усмирить маратхов не удавалось. Отчасти потому, что горный ландшафт мешал использованию главного козыря армии моголов – тяжёлой артиллерии, отчасти потому, что маратхи применили новую тактику борьбы. Когда моголы приближались к крепостям маратхов, их гарнизоны сдавались на самых выгодных условиях. Как только армия падишаха отходила подальше, маратхи отказывались от заключённого с моголами договора, возвращали себе земли и крепости, восстанавливали вероисповедание. Более того, при царице Тарабай в 1702 и 1704 маратхи разграбили Хайдарабад, нападению подвергся Масулипатнам на побережье Бенгальского залива. Маратхи теперь действовали по всему полуострову.