В 1398 г. по султанату был нанесён сильнейший удар: его столицу, Дели, захватил и разграбил Тамерлан. После его ухода султан вернулся в Дели, но власть султанов настолько ослабела, что временами не распространялась далее окраин города.

Более чем за три века существования Делийского султаната достижения мусульман в Индии были довольно скромными. Ни единого государства, ни единой гуманитарной составляющей антропосферы им создать не удалось. После нашествия Тамерлана и падения в 1414 г. династии Туглукидов Индия распалась на отдельные более или менее сильные княжества, ни одно из которых не смогло объединить страну. Конфликты между ними сводились к разовому получению дани победителем. В экономике индийцы сохраняли ключевые позиции: монетный двор был под их управлением, торговлей и производством занимались в основном индийцы. Такое положение дел было взаимовыгодным, поскольку индийцы примирились с правлением мусульман. Это отразилось на религиозной антропосфере: умма росла за счёт новообращённых индийцев и благодаря прибывшим за лёгким обогащением и натурализовавшимся мусульманам.

В Делийском султанате произошли небольшие изменения в структуре земельной собственности, главное из которых – увеличение доли государственных земель, как следствие базовых положений ислама. Несмотря на общинный характер мусульманского государства, сохранялась категория землевладельцев, которые в соответствии с обычаями, т.е. без государственного вмешательства, свободно отчуждали свои владения и взимали с них ренту. Делийский султанат, как и существовавшие до него индийские государства, был основан на феодальной концепции, поэтому роль сельской общины в нём не изменилась, только староста стал всё чаще рассматриваться как должностное лицо.

На смену Делийскому султанату, распадавшемуся с середины XIV в., пришла империя Великих Моголов. Её основателем в 1526 г. стал Захир ад-дин Мухаммед по прозвищу Бабур (Тигр), дальний потомок Чингиз-хана и праправнук Тамерлана. В завоевании страны ему помогали одержимые междоусобной враждой индийские раджпуты. Одновременно с вторжением Бабура на северо-западе, на западном побережье закреплялись португальцы, путь которым в Индию открыл Васко да Гама. В 1503 г. в Кочине появился первый португальский форт, в 1505 г. в Лиссабоне создали Государство Индия, в 1510 г. был отвоёван Гоа, а в 30-х годах XVI в. португальцы уже стремились к контролю над торговлей на всём западном побережье Индии.

Власть моголов была ещё неустойчивой: сын Бабура, Хумаюн, проиграл битву под Чаусой Шер-хану, представителю династии Суров, тесно связанной с Моголами. После этой победы Шер-хан провозгласил себя Шер-шахом и начал править в Дели в 1540 г. Всего за пять лет своего правления он провёл важные реформы. Был усилен контроль над сбором и учётом доходов, Бенгалия лишилась наместника и была разделена на районы, в каждом из которых начали действовать гражданская, военная и духовная администрации, велась борьба с коррупцией в армии, была прекращена практика взимания с торговцев незаконных поборов. В 1545 г. Шер-шах погиб при осаде крепости Калинджар. Его наследники уничтожили плоды реформ Шер-шаха и в 1556 г. в Дели начал править внук Бабура, Акбар.

Для Акбара (1556—1605) индийцы не были только неверными, он рос среди них, это был его народ, поэтому религиозные притеснения индийцев были отменены. Акбар, хотя и был мусульманином, искал веру, которая объединила бы страну. При его дворе устраивались религиозные диспуты, в которых участвовали представители самых разных течений, здесь был даже Нанак, основавший религию сикхов, и христианские проповедники из Португалии. Не найдя ответа на свои устремления, он предложил свою религию, дин-и иллахи, соединив в ней идеи из разных учений. Религиозные искания Акбара и их результат особенно не понравились улемам, и они подняли мятеж, который был успешно подавлен. Попытка заменить религиозную антропосферу сразу у всех подданных была обречена на неудачу, несмотря на успехи Акбара в построении единого государства.