Правление Бельского обещало много хорошего, но, к сожалению, скоро пало. Бояре вознегодовали на князя Бельского и на митрополита за то, что великий князь держал их у себя в приближении. Эти бояре были: князья Михаил и Иван Кубенские, князь Дмитрий Палецкий, казначей Иван Третьяков и с ними многие дворяне и дети боярские, а также новгородцы Великого Новгорода всем городом. Против правительства составился заговор в пользу Ивана Шуйского, который находился в это время во Владимире, оберегая восточные области от набега казанцев. Московские заговорщики назначили Шуйскому и его советникам срок – 3 января 1542 года, чтобы он прибыл в этот день в Москву из Владимира. Ночью на 3 января он явился в Москву со своими советниками без приказания государя. Еще прежде его приехали сын его Петр да Иван Большой Шереметьев с 300 человек дружины. В эту ночь в Кремле поднялась страшная тревога. За три часа до свету бояре пришли в постельные хоромы к государю и заставили попов петь у крестов заутреню. Между тем Бельского схватили на его дворе и засадили до утра, а потом отправили в заточение на Белоозеро. Советники его были разосланы по городам; одного из них – Щенятеева – выволокли задними дверьми из самой комнаты государя. На митрополита Иоасафа напали с особенным ожесточением: по его келье стали бить каменьями. Испуганный, он думал найти убежище во дворце. Но заговорщики бросились за ним и туда с великим шумом, разбудили государя и привели его в трепет. Тогда митрополит бежал на Троицкое подворье, но дети боярские и новгородцы преследовали его с ругательствами и едва не убили на подворье: только троицкий игумен Алексей, именем Сергия Чудотворца, да князь Димитрий Палецкий с трудом умолили их воздержаться от убийства. Митрополит был взят и сослан на Белоозеро в Кириллов монастырь, откуда впоследствии был переведен в монастырь Троице-Сергиев, где и скончался. Но Бельский живой был страшен и опасен и на Белоозере, и потому в мае месяце трое преданных Шуйским людей отправились на Белоозеро и умертвили его в тюрьме. «И бысть мятеж велик в то время на Москве и государю страхование учиниша».

Верховная власть снова перешла в руки Шуйских. На место митрополита вместо Иоасафа возведен был новгородский архиепископ Макарий, один из знаменитейших духовных лиц русской истории. Сам Макарий свидетельствует в своем духовном завещании, что он отказывался от предлагаемой чести, но не смог прислушаться и был понужден не только всем собором святителей, но и самим благочестивым царем Иоанном Васильевичем.

Князь Иван Шуйский, захвативший верховную власть, по болезни скоро удалился от двора, передав правление своим родственникам, Ивану и Андрею Михайловичу Шуйским, и Федору Ивановичу Скопину-Шуйскому[8]. Но недолго пришлось править и этим Шуйским. Между ними первенствовал князь Андрей, так же нагло и свирепо, как и Иван Шуйский, творивший все что ему вздумается и ни во что не ставивший подраставшего великого князя. После свержения и смерти Ивана Бельского у Шуйских не было соперников. Но у них мог явиться соперник опасный не знатностью рода или личными заслугами, а доверенностью и расположением государя. И Шуйские ревниво следили за тем, чтобы кто-нибудь не стал им поперек дороги. Иоанну исполнилось между тем уже 13 лет, и он, со своим живым впечатлительным умом, наглядевшись на всякие смуты, созрел не по летам. Шуйские с опасением заметили его привязанность к Федору Семеновичу Воронцову. 9 сентября 1543 года трое Шуйских и советники их – князь Шкурлятев, князья Пронские, Кубенские, Палецкий и Алексей Басманов – в присутствии великого князя и митрополита, в столовой избе у государя, на совете, схватили Воронцова, стали бить по щекам, оборвали платье и хотели убить его до смерти. Иоанн послал митрополита и бояр Морозовых уговорить их, чтобы они не убивали Воронцова. Они не убили его, но с великим позором вытолкали на площадь, били, толкали и отдали под стражу. Государь опять прислал митрополита и бояр к Шуйским просить их, чтобы Воронцова отправили на службу в Коломну, если нельзя оставить его в Москве. Правители не уважили просьбы своего государя и приговорили услать Воронцова подальше – в Кострому. Все это сопровождалось большими спорами и шумом. «И когда, – говорит летописец, – митрополит ходил от государя к Шуйским, Фома Головин у него на мантию наступил и разодрал ее».