Овладев Смоленском, Василий III поставил здесь наместником князя Василия Шуйского. После поражения русского войска при Орше многие лучшие люди в Смоленске завели сношения с литовцами, приглашая их взять назад город и обещая им со своей стороны деятельную помощь. Василий Шуйский, узнав об этом, схватил главных заговорщиков. Когда же литовцы явились перед городом, он велел повесить арестованных смолян на городской стене с теми самыми подарками, которые они недавно получили от великого князя московского: одни, например, висели в дорогих собольих шубах, у других на шее были привязаны серебряные ковши… После этого изменников в городе не оказалось, и литовский отряд должен отступить ни с чем.

От такого человека можно было ожидать, что он не станет очень стесняться и для достижения собственных личных целей. И действительно, уже в седьмой день по кончине Елены Василий Шуйский вместе с братом Иваном и другими распорядился насчет ее любимца: князь Оболенский и сестра его Аграфена были схвачены, несмотря на протестующие просьбы державного беззащитного отрока. Оболенский умер в заключении. Сестру его отправили в Каргополь и постригли в монахини. Заключенные в правление Елены князь Иван Бельский и князь Андрей Шуйский были освобождены. Бельский-Гедиминович не захотел оставаться спокойным зрителем распоряжений Шуйского-Рюриковича, захотел распоряжаться и сам. Соединившись с митрополитом Даниилом и дьяком Федором Мишуриным, он стал подговаривать Иоанна возвысить званием некоторых из лиц, ему дружелюбных. Шуйские, хлопотавшие о повышении только своих родственников и доброхотов, озлобились на Бельского. «Встала, – говорит летописец, – вражда между боярами великого князя». Сторона Шуйских была сильнее, и Бельский снова попал в заключение, а советники его разосланы по деревням. Дьяка Мишурина Шуйские велели боярским детям и дворянам ободрать на своем дворе и нагого положить на плаху: ему отрубили голову без государева приказания. Митрополит Даниил остался пока нетронутым.

Василий Шуйский умер в октябре 1538 года, и влияние его перешло к брату его, князю Ивану. Новый правитель низложил митрополита Даниила, приверженца Елены (в феврале 1539 года), и сослал его в Волоколамский монастырь, где он был прежде игуменом. Там его заставили написать грамоту, в которой он отрекался от митрополии не по болезни или немощи, но по сознанию своей неспособности к такому высокому служению. Эта грамота подписана бывшим митрополитом 26 марта, а между тем уже 9 февраля был поставлен новый митрополит Иоасаф Скрипицын из игуменов Троицкого монастыря. Святители, поставлявшие Иоасафа, немало погрешили в том, что, уступая давлению мирской власти, избрали и поставили нового митрополита прежде, нежели прежний отрекся от своей кафедры.

Свергнув Даниила, князь Иван Шуйский, без сомнения, рассчитывал иметь в избранном по его желанию первосвятителе верного союзника и твердую опору, но ошибся. Иоасаф вместе с некоторыми боярами в июле 1540 года осмелился ходатайствовать перед государем об освобождении Бельского: Бельский был освобожден и появился во дворце. Застигнутый врасплох, Шуйский принужден был примириться с тем, чего уже нельзя было переделать, но в досаде перестал ездить к государю и советоваться с боярами. Правление перешло к Бельскому и митрополиту Иоасафу, ставшими «первосоветниками» государя. По ходатайству новых правителей освобождены были из темницы жена и сын удельного князя Андрея Ивановича Старицкого, причем Владимиру Андреевичу возвращен был даже отцовский удел. В то же время была оказана милость и другому удельному князю – Димитрию, сыну Андрея Ивановича Углицкого, племяннику Иоанна III, около 50 лет сидевшему в оковах в Вологде: с несчастного страдальца сняли оковы, но темница все-таки не отворилась для него. В правление Бельского Пскову был возвращен его старинный самосуд с дозволением судить уголовные дела выборным целовальникам (присяжным), помимо великокняжеских наместников и тиунов их. Правитель думал возвратить на родину и брата своего, Семена Федоровича Бельского. Но Семен давно уже строил козни против Москвы на Литве и в Турции, поднимая недругов против своего отечества.