До Оригена не существовало системы христианского учения. Начатки систематического изложения содержатся в Послании Павла к Римлянам и в Послании к Евреям. Впервые необходимость придать библейским идеям и мыслям, выработанным в полемике с нехристианами и еретиками, систематическую форму осознали учителя катехизических школ, где за основу брались Символ веры и Regula fidei. У Климента предметы его гнозиса ещё связаны между собой слабо, в его сочинениях нет чёткого плана, они являются лишь подготовительными работами для системы. Опираясь на них, Ориген создал упорядоченное учение о христианских догматах, в котором, однако, порядок ещё не был строгим, и куда он включил также элементы неоплатонизма. Но достижение систематической формы учения не обошлось без существенной потери. При школьном изложении учений, относящихся к предвечному существованию Бога, живые зародыши догматического развития, укоренённые в религиозном чувстве и истории религии, оказались скрыты, а сотериологические понятия остались менее разработанными.

Ориген говорит: апостолы изложили лишь необходимое, но не все учения с полной ясностью; в отношении некоторых догматов они предоставили дальнейшее определение и обоснование ученикам науки, которые должны были построить научную систему на основе данных вероучений (de princ. praef. 3 и далее). Принцип, что в систематическом изложении следует исходить из первоначального, Ориген сформулировал прямо (Tom. in Joan. X, 178), аллегорически истолковывая вкушение рыбы: нужно начинать с головы, то есть с высших и основополагающих догматов о небесном, и заканчивать ногами, то есть завершать учениями о самом удалённом от небесного начала во всём существующем – будь то материальное, подземное или злые духи и нечистые демоны.

Ход изложения в четырёх книгах «О началах» (по обзору, данному Редпеннингом, Orig. II, с. 276) таков: «Во главе стоит учение о Боге, вечном первоисточнике всего существующего, как отправная точка изложения, в котором познание сущности и её проявлений переходит к возникновению того, что в мире является вечным – сотворённых духов, чьё падение приводит к возникновению грубого телесного мира. Без труда этот материал был согласован с церковными учениями об Отце, Сыне и Духе, о творении, ангелах и грехопадении. Всё это содержится у Оригена в первой книге «О началах». Затем, во второй книге, мы вступаем в мир в его нынешнем состоянии, видим его возникновение во времени из предвечной, хотя и не изначально вечной материи, чтобы продолжить в нём своё изменчивое существование до восстания и освобождения духов. В этот мир вступает Сын Божий, посланный Богом Ветхого Завета, Который есть не кто иной, как Отец Иисуса Христа; мы слышим о воплощении Сына, о Святом Духе, как Он исходит от Него в души, о душевном в человеке в отличие от того, что в нём есть чистого духа, об очищении и восстановлении душевного через суд и наказания и о вечном блаженстве. Благодаря свободе, неотъемлемо присущей духу, он поднимается в борьбе со злыми силами духовного мира и внутренними искушениями, поддерживаемый самим Христом и всеми средствами благодати или дарами и действиями Святого Духа. Эту свободу и освобождение людей показывает третья книга. Четвёртая выделяется как учение об основе этого учения – откровении в Священном Писании (в отличие от более поздних авторов, которые обычно ставят это учение в начало догматики).