При всем глубоком благоговении оптинских братий к старцу о. Леониду, деятельность его встретила неожиданные затруднения со стороны подвижников, уже почтенных тружеников, старших по времени пребывания их в монастыре.

«Есть два рода иноческого делания, – говорит св. Каллист, – одно – для укрощения страстей и состоит в посте, бдении, коленопреклонениях и прочих подвигах внешних, а другое – для очищения ума и сердца от нечистых мыслей, что и совершается строгим вниманием к себе и непрестанной молитвою сердечною ко Господу Иисусу втайне и с болезненным чувством и страдательным воплем души, как учат божественные отцы».

Некоторые из старших иноков скита, преуспевшие в делании первого рода (например, схимонах Вассиан, достигший способности в последние годы жизни проводить всю четыредесятницу в посте, в течение которого разрешал подкрепляться пищей только в два праздничных дня, и имевший дар слез), стали негодовать на появление множества богомольцев на пасеке, за оградой скита, у кельи о. Леонида, считая уединение и тишину, для сохранения которых устроен и самый скит, главным условием иноческой жизни, привлечение же народа в скит для испрошения совета у старца Леонида – явлением нежелательным и неполезным. Подстрекаемый другими недальновидными и даже подначальными лицами, о. Вассиан подвигнулся мнимою ревностию против о. Леонида и неоднократно обращался с доносами на него к епископу, а наконец – и на игумена Моисея.

Преосвященный, желая устранить поводы к неудовольствию между братиею и прекратить молву, распространявшуюся в разных слоях общества, не понимавших духовной деятельности о. Леонида, приказал перевести его со скитской пасеки в монастырь и приостановить доступ к нему мирским людям обоего пола. Монастырское начальство переместило о. Леонида с пасеки в келью внутри скита в ноябре 1835 года. Но со стороны владыки последовало настоятельное предписание, невзирая ни на что, переместить о. Леонида в монастырь. Посему 2 февраля 1836 года он и был переведен в монастырь.

Это распоряжение владыки большинством братии было сочтено за притеснение уважаемому старцу о. Леониду, между тем как власти епископа предлежало сохранить в точности правила вновь учрежденного скита о безмолвии и уединении и прекратить повод к неудовольствию между иноками. Преданность своему старцу помешала братии отнестись к начальственному распоряжению епископской власти безропотно. Сам же старец о. Леонид разъяснял в письме к одному духовному сыну, что «вы по своей неограниченной расположенности возмалодушествовали о моем положении и ошибкою сочли яко притесняемого, но я почитаю себя спокойным от сих мнимых неприятностей».

Вскоре по переходе в монастырь о. Леонид был порадован в 1837 году прибытием в Оптину Пустынь проездом из Петербурга в Киев митрополита Филарета, которого сопровождал и епископ Калужский Николай. Митрополит, знавший о. Леонида еще в Белобережской Пустыни, оказал милостивое благоволение к нему, причем спросил отца Леонида: «Почему же ты не в схиме?» Старец молчал. «Ты схимник, – продолжал митрополит, – и носи схиму».

Посещение митрополита Филарета имело благотворные последствия для обители. А для о. Леонида построен был особый деревянный корпус проживавшим в Пустыни помещиком Александром Ивановичем Желябужским. Ежедневно приходил к о. Леониду из скита о. Макарий с изготовленными письмами для подписи, а по субботам и воскресеньям о. Леонид всегда бывал у скитской церковной службы, по окончании которой вел духовные беседы с скитскими монахами в келье о. Макария.

11 октября 1841 года о. Леонид скончался 72 лет от роду. Слава о его высокой жизни и о даре прозорливости, благодаря которому он приводил к раскаянию во грехах многих калек и бесноватых, распространилась и на православном Востоке. Незадолго до кончины о. Леонида в сентябре 1841 года посетил Оптину Пустынь постриженник св. Афонской Горы, инок Парфений, бывший впоследствии игуменом новосозданного им Гуслицкого монастыря в Московской епархии. В описании своего странствия он поместил следующий любопытный рассказ о свидании своем со старцем о. Леонидом: