346-й зенитно-артиллерийский дивизион израсходовал все снаряды в первые часы войны, и укрылся в лесу. 223-й гаубичный полк размещался в лесопарке Румлево уже в 4:15 22 июня 1941 года попал под сильный авиационный удар и понес большие потери. Все утро огнем поддерживали 103-й стрелковый полк, ведший ожесточенные бои. Далее подверглись еще одной мощной бомбежке и по приказу комдива отошли на рубеж реки Свислочь.

В ночь на 24 июня 1941 года был получен приказ генерал-лейтенанта Кузнецова о контрнаступлении на Гродно. Приказ был убийственным для дивизии Бондовского. Наши колоны в течение 9 часов несли огромные потери от действий авиации, была уничтожена практически вся артиллерия. Однако дивизии удалось выбить немцев с нескольких высот и к вечеру 24 июня отбросить противника на 4-5 километров.

25 июня 1941 года соединение генерала Бондовского ворвалось на окраину Гродно, но в течение дня были вынуждены отойти в направлении Новогрудок. Дивизия понесла очень большие потери, выполняя приказ командарма. В последующем местные жители 3 недели хоронили воинов в братских могилах. Поселок Вишневец построен непосредственно в месте захоронений.

26 июня 1941 года остатки дивизии (фактически стрелковый батальон) отходят и оказываются в печально известном Белостокском котле. Под командованием полковника Скоробогаткина 15 июля выйдут из окружения в полосе 172-й стрелковой дивизии генерал-майора Романова. Генерала Бондовского уже со своими бойцами не будет. Официально дивизия расформирована в сентябре 1941 года. При прорыве дивизия разделилась на две группы. Группа полковника Скоробогаткина успешно вышла из окружения в полосе 172-ой стрелковой дивизии в районе Могилева. Группе командира дивизии Бондовского повезло гораздо меньше.

21 июля 1941 года генерал Бондовский с группой командиров попал в плен при попытке выхода из окружения у деревни Миляково. В плену Александр Васильевич провел всего 4 дня. При переходе в колоне ему удалось совершить побег в районе деревни Дубинка. После этого Бондовский почти два месяца в одиночестве шел к своим по немецким тылам. Линию фронта генерал смог перейти только 16 сентября 1941 года.

К сожалению, 21 октября 1941 года генерал Бондовский вновь попадает в плен у деревни Колымея. В этот раз удалось сбежать в первую же ночь, убив двух охранников. Вновь два месяца скитаний по тылам противника. Линию фронта Александр Васильевич перешел 24 декабря 1941 года. Следующие полгода генерал-майор Бондовский проходил проверку в особом отделе НКВД, уж очень фантастически смотрелась возможность дважды сбежать от гитлеровцев.

Далее Александр Васильевич работал преподавателем на курсах «Выстрел». Многократно писал рапорта с просьбой отправить его на фронт. В ноябре 1943 года наконец-то удалось добиться своего. Бондовского назначили заместителем командира 121-го стрелкового корпуса, а затем командиром 324-й СД в этом же соединении. Александр Васильевич со своей дивизией участвовал в Гомельско-Речицкой и Рогачево-Жлобинской наступательных операциях.

23 февраля 1944 года генерал с группой офицеров штаба попал под артиллерийский обстрел. Бондовский получил тяжелое ранение, из-за которого ему ампутировали ногу. После излечения в госпитале, Александр Васильевич вернулся к преподавательской работе. В отставку по состоянию здоровья генерал Бондовский ушел в 1947 году. За время службы Александр Васильевич награжден: орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени, тремя орденами Красной Звезды, именным оружием, медалями СССР. Скончался генерал Бондовский в городе Иваново в 1970 году. Похоронен там же с воинскими почестями.