Увы, в этом Эдеме спокойно дожить свой век Аверкий Кириллов не смог. 16 мая 1682 г., на второй день знаменитого московского восстания, мятежные стрельцы добились выдачи думного дьяка и тотчас же в Кремле расправились с ним, объяснив это тем, что тот якобы «со всех чинов людей велики взятки имал и налогу всякую и неправду чинил». Став жертвой общественно-политических коллизий, Аверкий Кириллов разделил судьбу многих обитателей Берсеневки – от боярина Ивана Беклемишева до высокопоставленных жителей Дома на набережной.

Убиенного похоронили при церкви Святой Троицы. Вскоре там же упокоилась и его вдова. Усадьбу унаследовал сын Аверкия Яков, тоже «гость» и думный дьяк, а после смерти – вдова его Ирина. Ее второй муж, известный деятель петровского времени, дьяк Оружейной палаты А.Ф. Курбатов, в начале XVIII в. перестроил палаты на Берсеневке. Именно тогда они приобрели облик, который в основном сохранился до наших дней. Вместо деревянных теремов появился каменный верхний этаж, парадный фасад приобрел симметричную композицию и богатую отделку в стиле барокко. Творение его выдает руку маститого зодчего. Предполагается, что им мог быть Михаил Чоглоков, строивший в Кремле Арсенал под смотрением того же Курбатова. Называют также имена других архитекторов – Ивана Зарудного, Доменико Трезини, Доменико Фонтаны.

Последним частным владельцем усадьбы был надворный советник А. Зиновьев. Затем здесь квартировали различные казенные учреждения: контора Камер-коллегии, Корчемная и Межевая канцелярии и т. д. Долгое время в палатах размещалась команда курьеров московских департаментов Сената. Москвичи называли древнее здание Курьерским домом. Палаты ремонтировались и в XVIII в. под надзором архитектора князя Д. Ухтомского и в XIX в. А. Назаровым, но постепенно ветшали.

Достойное применение им нашлось лишь в 1870 г., когда в них вселилось Московское императорское археологическое общество. Сухое академическое название лишь отчасти отражало суть этой почтенной организации. Созданная в годы общественного подъема, «великих реформ», она объединила широкий круг просвещенных людей, убежденных в необходимости скрупулезного изучения прошлого России для понимания ее настоящего и предначертания будущего. Среди многочисленных членов общества, действовавшего первоначально под руководством А.С. Уварова, были выдающиеся историки М.П. Погодин, С.М. Соловьев, И.Е. Забелин, В.О. Ключевский, художник И.С. Остроухов, архитекторы Ф.Ф. Горностаев, И.П. Машков, писатели Д.В. Мамин-Сибиряк, П.И. Мельников-Печерский… Естественно, большое внимание уделялось археологии, но также и изучению письменных источников, памятников архитектуры. В 1909 г. при обществе была создана Комиссия по изучению старой Москвы – первый центр москвоведческих исследований. Сначала в нее вошло всего несколько человек, но впоследствии число членов достигло несколько сотен. В работе комиссии принимали участие А.А. Бахрушин, С.К. Богоявленский, П.В. Сытин, В.А. Гиляровский, А.В. Чаянов, В.В. Згура…

Купола церкви Святого Николая Чудотворца на Берсеневской набережной

Московское археологическое общество благополучно дожило до советского времени и было закрыто в 1923 г., но древние палаты на Берсеневке продолжили свое служение культуре и науке. Второй этаж заняли Центральные государственные реставрационные мастерские. Внизу разместился Институт по изучению языков, и востоковеды покинули здание, и в нем на много лет поселился обслуживающий персонал Дома правительства. Затем в палаты Аверкия Кириллова въехал Научно-исследовательский институт культуры. Сейчас здесь НИИ культуры.