В 1917 г. тихий замоскворецкий храм оказался в гуще революционных событий. В марте здесь при стечении огромных толп отпевали жертв «великой и бескровной» – тех самых юношей-самокатчиков, попавших под пули на Большом Каменном мосту. Затем манифестация двинулась на Братское кладбище. Во время октябрьских боев красногвардейцы оборудовали на колокольне церкви Николы на Берсеневке огневую точку и обстреливали противоположный берег Москвы-реки, где укрепились защитники Временного правительства. Те отвечали пулеметным огнем со звонницы храма Христа Спасителя.

В церкви на Берсеневке богослужения продолжались и в первые советские годы. Ее закрыли в феврале 1930 г. – в самый разгар антицерковных гонений. Как выяснил историк В.Ф. Козлов, поводом послужили неоднократные обращения Центральных государственных реставрационных мастерских, квартировавших в соседних палатах Аверкия Кириллов и рассчитывавших увеличить свои площади за счет храма. По ходатайству той же организации, призванной сохранять культурное наследие, вскоре снесли колокольню, будто бы затемнявшую помещения, где работали реставраторы. Впрочем, инициаторам сноса это не помогло. Воинствующие безбожники обвинили самих реставраторов в том, что «они превратили мастерские в тайный церковный скит», оказывают приют «всяким бывшим», наживаются за счет советской власти и ждут ее падения. В конце концов ЦГРМ разогнали. Храм Николы на Берсеневке стал использоваться как склад Дома правительства. Во время войны здесь разместилось фондохранилище нескольких московских музеев. Старый церковный сад с вековыми деревьями был местом тихих прогулок местных жителей, особенно детворы из Дома на набережной. Церковкой называли они этот уголок. В последующем постояльцами древних стен становились НИИ музееведения, НИИ культуры, редакция журнала «Культурно-просветительная работа». В Набережных палатах угнездился «Росконцерт».

Реставрация храма началась еще в 1970-х гг. Но только со сменой эпох, в 1992 г., здесь возобновилась церковная жизнь. Ныне храму принадлежат и Набережные палаты, над воротами которых планируется восстановить звонницу. О воссоздании большой церковной колокольни пока речи нет. На церковном участке при земляных работах нередко находят человеческие останки. Сообщения об этом подогревают легенды о Малюте Скуратове и его жертвах. Но это лишь следы древнего кладбища храма. Найденные останки местное духовенство по церковному чину захоранивает в братской могиле у стен церкви.

За палатами Аверкия Кириллова к Берсеневской набережной примыкает закатанная в асфальт площадка. В глубине виднеется симпатичный, аккуратно отреставрированный двухэтажный особняк (№ 16). На беглый взгляд это обычный дом XIX в. Но если присмотреться к цоколю здания, взглянуть на боковой и задний фасады, то можно увидеть недавно восстановленные реставраторами детали древних палат – карнизы и оконные наличники. В старой Москве – деревянной, постоянно горевшей – каменные строения ценили высоко и зря не сносили, предпочитая по мере необходимости перестраивать. Строительная история здания на Берсеневке началась, по-видимому, еще в XVI в. Сменилось немало владельцев, не раз его перестраивавших, пока в 1868 г. здесь не обосновался водочный завод Ивана Артемьевича Смирнова. Его не следует путать с более известным братом и конкурентом Петром Артемьевичем, который имел предприятие неподалеку, в Нижних Садовниках, и торговый дом на углу Пятницкой улицы и Овчинниковской набережной. Так или иначе, Замоскворечье – родина всемирно известного бренда «Смирновская водка». Сегодня дом на Берсеневке окнами на храм Христа Спасителя приспособлен под престижные офисы.