Из Вяземского училища Михаил Глухарёв «за отличные успехи» был переведен в Смоленскую семинарию, в которой учился с 1801 по 1813 г. Однако в новой бурсе неокрепшую душу ожидали новые искушения: он попал в атмосферу порочных товарищей, без надлежащего надзора и воспитания как губка впитавших все пороки общества.

В 1812 г., во время перерыва в учебе, связанного с нашествием Наполеона, Михаил был приглашен одним богатым тверским помещиком учить его детей. Здесь Михаил усвоил светские приличия и манеры, что еще более выделило его из среды товарищей, и приобрел первый педагогический опыт.

В сентябре 1813 г. было возобновлено обучение в семинарии, и Михаил Глухарёв, по обычаям того времени, был назначен учителем латинской грамматики в низший класс. Теперь он упражнялся в преподавании и вместе с другими учителями «сказывал положенные проповеди».

Когда по Синодальному указу от 22 мая 1814 г. семинария должна была отправить двух лучших учеников для образования второго курса Петербургской духовной академии, Смоленский преосвященный распорядился отправить туда студента Захарию Смирягина и учителя Михаила Глухарёва (на их экипировку и путевые расходы семинария издержала немалые средства – 565 р. 30 к.).

В Петербурге студенты после экзамена были зачислены на 2-й курс Духовной академии. Здесь способности и качества Михаила Глухарёва проявились в полной мере. Религиозный и благовоспитанный, откровенный и очень доверчивый, изящный в манерах и приятный в обращении, способный и трудолюбивый, студент Глухарёв, по свидетельству современников, обращал на себя всеобщее внимание.

Из специальных предметов Михаил выбрал еврейский язык, историю и географию, от немецкого и французского отказался, так как знал их основательно, а об отказе изучать математику и физику впоследствии сожалел. В годичной ведомости 1815 г. он занимает первое место. Особенно выделяются письменные работы Михаила Глухарёва, которые вызывают одобрение строжайшего критика – свт. Филарета.

Закончил он курс академии 10-м магистром, по преданию, профессора признали за ним первое место, но затем отобрали по настоянию Филарета, который, «развивая в нем смирение, полагал за лучшее понизить его в списке студентов». «Глухарёв был одним из самых даровитых и блестящих студентов 2-го курса и кроме того, при крайней живости и некоторой восторженности, выделялся в кругу товарищей чрезвычайным изяществом, приемами и манерами светского, благовоспитанного юноши. Какие-то предубеждения против него, возникшие еще до окончания им академического курса, были причиною, что он не был оставлен при академии»[90].

Ректор Филарет, обративший внимание на талантливого юношу, нашел в нем «прекрасные качества ума и сердца», привлек к себе и на всю жизнь стал его наставником и покровителем. Биограф прп. Макария Филимонов отмечает, что, «любя и отличая его своим постоянным вниманием и расположением, Филарет не баловал его, а относился к нему довольно строго» и вел его, как говорил впоследствии сам прп. Макарий, «строптивыми путями», подвергая его терпение испытанию и еще более развивая в нем присущие с детства кротость и смирение. Несмотря на некоторую суровость и жесткость отношений ректора Филарета, студент Михаил Глухарёв понимал и ценил своего наставника и руководителя, считая его своим благодетелем, и говорил впоследствии: «Я отдал свою волю вполне преосвященнейшему Филарету, ничего не делал и не начинал без его совета и благословения и почти ежедневно исповедовал ему свои помыслы»