Пётр I считал Меншикова незаменимым соратником. Меншиков обладал умом, кипучей энергией, хваткой и интуицией. «Счастья баловень безродный, полудержавный властелин», как назвал Меншикова в поэме «Полтава» Александр Серегеевич Пушкин. После смерти Лефорта Пётр сказал о Меншикове: «Осталась у меня одна рука, вороватая, да верная».

Меншиков неоднократно уличался в присвоении казённых средств и выплачивал крупные штрафы. «Где дело идёт о жизни или чести человека, то правосудие требует взвесить на весах беспристрастия как преступления его, так и заслуги, оказанные им отечеству и государю…– считал Пётр I – …а он мне и впредь нужен».

В связи с делом вице-губернатора Курбатова, вскрылись казённые злоупотребления Меншикова. Основной капитал составили отнятые под разными предлогами земли, вотчины, деревни. Специализировался на отнятии у наследников выморочного имущества. Также Меншиков укрывал раскольников, беглых крестьян, взимая с них плату за проживание на своих землях.

Казнокрадство, самоуправство и подозрения в изменнических сношениях с врагами России, не получившие, впрочем, документальных подтверждений, вынуждали Петра, особенно в последние годы его жизни, держать Меншикова на расстоянии, почти на грани опалы. Начиная с 1714 года бывший царский любимец практически непрерывно находился под следствием. В период правления неспособной к государственным делам императрицы и в петербургский период правления Петра II, малолетнего внука Петра I, Меншиков на два года стал фактическим правителем государства, однако из-за неумеренной амбициозности, даже заносчивости нажил себе множество врагов и в конце жизни потерял все свои приобретения.

Дело о злоупотреблениях тянулось несколько лет, на Меншикова наложено было большое взыскание, но активным участием в осуждении на смерть царевича Алексееяв 1718 году (его подпись в приговоре стояла первой) вернул себе монаршую милость. С созданием в 1719 году Государственной Военной коллегии он назначен был её первым президентом, с оставлением в должности Санкт-Петербургского генерал-губернатора, и отвечал за обустройство всех вооружённых сил России. В 1719 году Меншиков введён был Петром в состав Верховного суда для расследования случаев злоупотреблений по управлению. После того, как сам оказался под подозрением в финансовой нечистоплотности, добровольно выплатил в казну 100 тысяч золотых рублей.

В 1722 году вскрылись новые злоупотребления Меншикова, после чего он лишился уже своих украинских владений и выплатил 200 тысяч червонцев штрафа, но и в этот раз сумел остаться на службе, главным образом благодаря заступничеству жены Петра, Екатерины.

В мае 1724 года Меншиков присутствовал при коронации Екатерины I в императрицы, шёл по правую руку от царя. Вместе с тем в 1724 году Меншиков переживал очередную опалу: за значительные злоупотребления он был лишён должностей президента Военной коллегии и генерал-губернатора Петербурга. Однако в январе 1725 года Пётр допустил Меншикова к своему смертному одру, что было расценено как прощение.

В мае 1727 года «светлейшему» удалось ликвидировать направленный против него заговор П.А. Толстого и А.М. Девиера, которые были арестованы, подвергнуты пыткам и сосланы: первый в Соловецкий монастырь, , второй – в Сибирь. По иронии судьбы, Александр Давыдович сам вскоре оказался в тех местах.

Однако внешнеполитические действия Меншикова, заключившего 6 августа 1726 года невыгодный для России союзный договор с Веной, а также его намерение породниться с императорской семьёй вызывали не только недовольство со стороны родовитой русской знати, включая Долгоруких и Голицыных, но и серьёзную обеспокоенность со стороны государственных мужей, включая генерал-прокурора П.И. Ягужинского, петербургского генерал-полицмейстера А.М. Девиера. Влиятельный вице-канцлер А.И. Остерман, которому Меншиков всецело доверял, фактически вёл, как оказалось, «двойную игру». Интриги против «светлейшего» плели и иностранные дворы, в первую очередь зять Петра герцог Карл Фридрих Гольштейн-Готторский и проживавший с ним в России глава голштинского правительства Геннинг Бассевич. Недооценив своих недоброжелателей, а также по причине продолжительной болезни (историки медицины предполагают, что он страдал туберкулёзным артритом), «светлейший» утратил влияние на юного императора и вскоре был отстранён от управления государством.