13 мая 1918 г. на заседании ВЧК был заслушан вопрос «Об организации действительной борьбы с замечающимися в последнее время злоупотреблениями некоторых сотрудников комиссии». Для недопущения необоснованных обвинений сотрудников ВЧК, было решено обратиться в ЦК РКП (б) в ЦК левых эсеров и во ВЦИК с предложением направить в ВЧК «надежных партийных и работоспособных товарищей для образования постоянной контрольной комиссии». Выполнение этого постановления было поручено Дзержинскому, Кизельштейну и Заксу>35.
Контрольно-ревизионная комиссия при ВЧК была образована только в ноябре 1918 г. в составе представителей ЦК РКП (б), ВЦИК, МК РКП (б), НКВД и НКЮ. Она проверяла следственные дела, принимала жалобы от населения, проверяла работу местных органов ЧК. Контрольные комиссии были также созданы при местных ЧК. После образования в феврале 1919 г. Инструкторского отдела ВЧК контрольно-ревизионная комиссия при ВЧК была упразднена. Одновременно прекратили свое существование и местные контрольные комиссии.
Дзержинский принимал меры, если получал негативную информацию о работе чекистов. Так, в письме А.П. Горбунова в Центральное бюро партии народников-коммунистов от 30 сентября 1918 г. приводились факты злоупотреблений сотрудниками уездной Усольской ЧК и Соликамской губернской ЧК. Письмо было направлено в ВЧК. 25 ноября 1918 г. Иногородний отдел ВЧК обратился к Уральскому обкому РКП (б) с просьбой тщательно изучить дело и строго наказать виновных. 4 октября 1918 г, Дзержинский писал Фомину: «Надо принять самые энергичные меры против такого хулиганства и злоупотреблений в уездах. Надо это огласить в приказе по всем комиссиям»>36.
29 января 1920 г., в 21 час в Президиум ВЧК была получена телефонограмма от заместителя коменданта Рыболовьева о том, не встречается ли препятствий к освобождению Ф.А. Зубова, который числиться за Президумом. Он подлежал освобождению постановлением Коллегии МЧК еще 19 января. Поэтому 6 февраля 1920 г. Дзержинский распорядился «привлечь канцелярию МЧК к ответственности. Виновного посадить на 10 дней с исполнением обязанностей».
Секретарь МЧК Я.Л. Березин писал Ф. Э. Дзержинскому о том, что причиной не освобождения Зубова было отсутствие соответствующих распоряжений при передаче дел из ВЧК в МЧК. К ответственности за это будут привлечены сотрудники Бутырской тюрьмы>37.
В июне 1920 г. Дзержинский выехал на Украину для оказания помощи в работе органам советской власти. После ознакомления с работой украинских чекистов он направил несколько писем в ВЧК И.К. Ксенофонтову. 27 июня он сообщил, что «ТО ВЧК слишком серьезные задачи имеет, чтобы о нем заботиться больше и людьми и материальными средствами, обеспечив и средствами передвижения, связи и довольствия. Вся к-р идет по железным дорогам, по ним и вся спекуляция. Затем, что еще важнее, ТО ВЧК должен быть более самостоятелен, чем до сих пор по самой природе своей работы ж[елезные] дороги и пути сообщения централизованы и экстерриториальны, а потому и борьба на них должна быть централизована одним руководством. Орган руководства должен быть достаточно авторитетен и силен. А потому надо ему представить больше самостоятельности, сохраняя за президиумом ВЧК только общее руководство. Вся организационная текущая работы и вся текущая борьба должна быть в руках только ТО. Для поднятия авторитетности начальник ТО должен быть членом Коллегии ВЧК*