Кроме того, в случаях, регламентированных НК РФ, полномочиями налоговых органов обладают таможенные органы и органы государственных внебюджетных фондов. При этом налоговые органы, органы государственных внебюджетных фондов и таможенные органы действуют в пределах своей компетенции и в соответствии с законодательством Российской Федерации, осуществляют свои функции посредством реализации полномочий и исполнения обязанностей, установленных федеральными законами, определяющими порядок организации и деятельности налоговых органов. Деятельность этих органов регламентируется НК РФ, Законом «О налоговых органах Российской Федерации» и Таможенным кодексом Российской Федерации. Все силовые структуры так или иначе связанные в своей деятельности с контролем за соблюдением налогового законодательства к налоговым органам не относятся. Права и обязанности налоговых органов, закрепленные в указанных выше законодательных актах, можно укрупнено представить следующим образом. Налоговые органы наделены следующими правами и полномочиями.

Требовать от налогоплательщика (налогового агента) документы по формам, установленным государственными органами и органами местного самоуправления, подтверждающие основания для исчисления и уплаты (удержания и исчисления) налогов, а также пояснения и документы, подтверждающие правильность налоговых расчетов и соблюдение сроков уплаты налогов. Налоговый кодекс снял ограничение, ранее установленное Законом Российской Федерации «Об основах налоговой системы в Российской Федерации» в виде запрета на получение сведений, составляющих коммерческую тайну. В связи с этим НК РФ определил режим конфиденциальности всех сведений, полученных налоговыми органами, а также порядок и случаи, при которых информация, имеющаяся у налоговых органов, может стать достоянием третьих лиц.

Проводить налоговые проверки в порядке, установленном НК РФ. С принятием Налогового кодекса впервые определены правила проведения налоговых проверок, тогда как ранее регламентировались только сроки и периодичность проверок для всех организаций – не реже одного раза в два года – а вопросы процедуры налоговых проверок определялись налоговыми органами в своих внутренних инструкциях. В результате такого подхода в Налоговом кодексе налоговый контроль был организован не по принципу его тотальности и всеобщности, а на основе выборки субъектов налогового контроля в зависимости от тех или иных критерий, определяемых налоговыми органами.

Производить выемку документов при проведении налоговых проверок у налогоплательщика или налогового агента, свидетельствующих о совершении налоговых правонарушений, в случаях, когда есть достаточные основания полагать, что эти документы будут уничтожены, сокрыты, изменены или заменены.

Вызывать на основании письменного уведомления в налоговые органы налогоплательщиков, плательщиков сборов или налоговых агентов для дачи пояснений в связи с уплатой (удержанием и перечислением) ими налогов либо в связи с налоговой проверкой, а также в иных случаях, связанных с исполнением ими законодательства о налогах и сборах.

Приостанавливать операции по счетам налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов в банках и налагать арест на имущество налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов в порядке, предусмотренном Налоговым кодексом.

Осматривать (обследовать) любые используемые налогоплательщиком для извлечения дохода либо связанные с содержанием объектов налогообложения независимо от места их нахождения производственные, складские, торговые и иные помещения и территории, проводить инвентаризацию принадлежащего налогоплательщику имущества.