Порядок проведения инвентаризации имущества налогоплательщика при налоговой проверке утверждается Министерством финансов Российской Федерации и Министерством Российской Федерации по налогам и сборам.

Определять суммы налогов, подлежащие внесению налогоплательщиками в бюджет (внебюджетные фонды), расчетным путем на основании имеющейся у них информации о налогоплательщике, а также данных об иных аналогичных налогоплательщиках в случаях отказа налогоплательщика допустить должностных лиц налогового органа к осмотру (обследованию) производственных, складских, торговых и иных помещений и территорий, используемых им для извлечения дохода, либо связанных с содержанием объектов налогообложения, непредставления в течение более двух месяцев налоговому органу необходимых для расчета налогов документов, отсутствия учета доходов и расходов, учета объектов налогообложения или ведения учета с нарушением установленного порядка, приведшего к невозможности исчислить налоги.

Требовать от налогоплательщиков, налоговых агентов, их представителей устранения выявленных нарушений законодательства о налогах и сборах и контролировать выполнение требований налогового законодательства.

Взыскивать недоимки по налогам и сборам, а также взыскивать пени в порядке, установленном НК РФ.

Требовать от банков документы, подтверждающие исполнение платежных поручений налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов и инкассовых поручений (распоряжений) налоговых органов о списании со счетов налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов сумм налогов и пени.

Привлекать для проведения налогового контроля специалистов, экспертов и переводчиков.

Вызывать в качестве свидетелей лиц, которым могут быть известны какие-либо обстоятельства, имеющие значение для проведения налогового контроля.

Создавать налоговые посты в порядке, установленном Налоговым кодексом.

Предъявлять в суды общей юрисдикции или арбитражные суды иски различного характера по вопросам применения налогового законодательства.

Налоговые органы осуществляют также другие права, предусмотренные ст. 31 НК РФ.

Обязанности налоговых органов определены законодательством, исходя из присущих им функций и необходимости соблюдения правил, установленных в законодательных и нормативно-правовых документах.

Налоговые органы, в частности, обязаны: соблюдать законодательство о налогах и сборах, осуществлять контроль за соблюдением законодательства о налогах и сборах, а также принятых в соответствии с ним нормативно-правовых актов, вести в установленном порядке учет налогоплательщиков, проводить разъяснительную работу по применению законодательства о налогах и сборах, а также принятых в соответствии с ним нормативных правовых актах, бесплатно информировать налогоплательщиков о действующих налогах и сборах, представлять формы установленной отчетности и разъяснять порядок их заполнения, давать разъяснения о порядке исчисления и уплаты налогов и сборов, осуществлять возврат или зачет излишне уплаченных или излишне взысканных сумм налогов, пеней и штрафов в порядке, предусмотренном Налоговым кодексом, соблюдать налоговую тайну, направлять налогоплательщику или налоговому агенту копии акта налоговой проверки и решения налогового органа, а также в случаях, предусмотренных Налоговым кодексом, налоговое уведомление и требование об уплате налога и сбора.

За свои неправомерные действия налоговые органы несут ответственность в соответствии со ст. 35 НК РФ. Причиненные налогоплательщикам убытки возмещаются за счет федерального бюджета. Помимо этого вида ответственности, за свои неправомерные действия или бездействия должностные лица и работники налоговых органов несут и другие виды ответственности: административную, уголовную, имущественную.