18 апреля 1795 г., докладывая Сенату о положении дел в Охотском порту, правитель Иркутского наместничества41 указывал, что «выпускники из мореходной школы недостаточно обучены, вверить им судно сразу невозможно». В 1796 г. предложено было закрыть школу. Тогдашний комендант Охотска премьер-майор князь Мышецкий доносил, что положено иметь в порту 6 судов, на них столько же штурманов. Однако только двое знают свое дело, остальные четыре – ученики школы, не бывшие от роду в море… Но Адмиралтейств-коллегия продолжала считать подготовку кадров в Охотске необходимой, закрывать школу запретила и предписала восстановить там обучение42.

В 1801 г. Адмиралтейств-коллегия предписала очередному заведующему морской частью порта капитан-лейтенанту В. Я. Башуцкому43: «Понеже коллегии известно, что в Охотске есть школа, в которой находятся несколько учеников, обучающиеся мореплаванию, то, дабы по важности сего училища преподать ученикам все нужные познания, и чтобы тамошний край снабдить знающими людьми мореходство, – коллегия полагает, сверх назначенного для оного штурмана, который ныне туда командирован, употребить и других штурманов, когда они настоящей их должностью заняты не будут; а чтобы к изучению прилагали все свое старание, то о производстве им соразмерного трудам их жалования представлено сделать положение вице-адмиралу И. К. Фомину44 и по сделании представить оное иркутскому губернатору». Башуцкий деятельно занялся школой, возникла активная переписка между Адмиралтейств-коллегией, иркутским губернатором, инспекторами…

К концу XVIII в. Европейская Россия, кроме Санкт-Петербургского морского кадетского корпуса (высшего военно-морского учебного заведения для подготовки командирских кадров из дворян, с геодезическим классом для подготовки гидрографов и преподавателей общих дисциплин из разночинцев), располагала двумя штурманскими училищами (в Кронштадте и Николаеве) и двумя трехклассными училищами корабельной архитектуры (в Санкт-Петербурге и Херсоне) – для подготовки штурманов и кораблестроителей из разных сословий, а также сетью портовых школ, готовивших квалифицированные рабочие кадры для Адмиралтейства (и каким-то образом превращавшихся45, по мнению Н. И. Барбашева, в резерв штурманских и командирских кадров).

Затем, в самом начале XIX в., высшее морское командование провело реформу штурманской службы, что сопровождалось и изменениями законодательства: 10 февраля 1804 г. Сенат утвердил указ «О новом образовании штурманской части, с приложением о числе штурманских чинов на Балтийском Флоте, и штата Штурманского училища». Штат и положение о Штурманском училище стали основополагающими документами и в деятельности Охотской школы (в дальнейшем – военно-морского училища).

В 1805 г. Адмиралтейств-коллегия предписала командиру порта в Охотске приложить возможное старание в приведении местной навигацкой школы в надлежащее состояние, «дабы из оной могли содержимые в сем крае казенные суда, а в случае нужды купеческие российско-американской компании снабжаемы быть добрыми штурманами, сведущими о здешних морях и реках во всей их подробности».

Однако состоявший тогда в этой должности капитан 1 ранга И. Н. Бухарин школой занимался мало. Чтобы хоть как-то исполнить указ, в 1807 г. он приказал штурману Потапову читать в школе курс математики. В 1808 г. штурманских учеников учил штурман Борисов. В 1809 г. новый командир порта капитан-лейтенант М. И. Миницкий приложил максимум усилий для восстановления обучения. Несмотря на весьма скудные средства, он построил дом для школы, сам наблюдал за обучением. Уже в октябре Миницкий докладывал иркутскому губернатору, что успехи некоторых учеников таковы, что он надеется через два года заменить ими недостаток штурманов в Охотске. В 1811 г. некоторые ученики, действительно, были назначены штурманами на корабли в Охотске. В 1812 г. 5 учеников были отправлены в плавание на шлюпе «Диана», а 6 – распределены по местным транспортам. Выпуск этого военного года оказался наиболее подготовленным (6 человек были произведены в штурманы с правом самостоятельного управления транспортами).