В 1758 году по приказу Ф. И. Соймонова, за год до того назначенного генерал-губернатором Сибири, в Охотск были направлены «штурманами и для обучения» 5 из 11 первых выпускников Иркутской навигацкой школы (в том числе двое – непосредственно преподавателями), в 1759 г. – еще 11 из 32. За период 1754—1768 гг. Иркутскую школу окончили 192 человека, значительная часть из которых «отправлялась в Охотский порт штурманами на казенные и партикулярные суда, из коих последние принадлежали разным купцам, составившим частные компании и производившим разные промыслы на островах, открываемых в Восточном Океане».

С учреждением в 1783 г. в Иркутске наместничества, школа поступила в ведение Приказа общественного призрения, а управление ею было поручено губернскому землемеру. Содержалась она на средства от пошлинной торговли. К 1787 г. в Иркутской школе навигации и геодезии прекращается набор учеников, нет ни одного учителя навигации32. Через 3 года в ней числятся 40 учеников, на содержание которых отпущено из государственной казны 1 506 руб., и 200 руб. дополнительно – на содержание хозяйства (дрова, бумага). В 1795 г. эту школу, в составе 22 учеников, присоединяют к Главному народному училищу33 города34, прекратив занятия навигацией из-за отсутствия «особых учителей» (но официально упраздняют лишь в 1812 г.35, по указанию сибирского генерал-губернатора). За время своего существования Иркутская школа подготовила более 340 штурманов и штурманских учеников для военного и гражданского флотов36.

Все навигацкие школы Восточной Сибири готовили специалистов для Охотского порта. Однако очень немногие ученики осваивали курс наук полностью. Большинство назначалось исполнять различные чиновничьи должности. В. А. Мятлев лично проверял ход учебного процесса в школах и экзаменовал учеников. Во многом благодаря ему ученики сибирских школ быстро добились заметных результатов (к сожалению для морского образования, с началом Семилетней войны Мятлев был возвращен на запад страны37 для продолжения службы). В 1755 г. он предписал начальнику морской части Охотского порта лейтенанту В. А. Хметевскому: из числа лучших учеников Охотской школы приготовить 10 человек «так, чтобы они, будучи в обучении, могли для надобных здесь к мореплаванию служителей вступить в навигацкие науки» (как это было задумано еще Берингом для его Камчатской экспедиции), и 27 мая приказал иркутскому вице-губернатору немедленно послать в Охотск для навигационных учеников «потребного числа арифметик, логарифмов, аспидных досок, карт меркаторских и плоских, циркулей и одного квадранта». В 1756 г. все это было доставлено в Охотск, и со второй половины того года школа приступила к изучению собственно морских дисциплин, т.е. стала подлинно навигацкой.

С 1756 по 1758 г. навигаторов готовили охотские штурмана, а в последующие годы обязанность эту исполняли выпускники Иркутской навигацкой школы. С 1760 г. преподавать в Охотской школе назначен был лейтенант И. Б. Синдт, после него – лейтенант А. М. Юрлов, штурман В. Кожевин, подштурманы Софьин и М. В. Неводчиков38. Это были участники многих походов и экспедиций, настоящие моряки-практики – о них и таких, как они, написано: «решительна предприимчивость почтенных соотечественников наших, кои заменяли недостаток познаний отважностью и непоколебимой твердостью духа».

Вообще-то, деятельность Охотской школы во многом зависела от субъективных факторов, основным из которых можно считать личность каждого нового начальника порта. Если, к примеру, с 1764 по 1772 год при полковнике Ф. Х. Плениснере школа функционировала успешно, то при сменившем его полковнике В. Зубрицком, который пьянствовал и картежничал, она пришла в значительный упадок.