Иркутский губернатор Н. И. Трескин, по докладу М. И. Миницкого, 8 сентября 1811 г. вышел с ходатайством к сибирскому генерал-губернатору И. Б. Пестелю об утверждении нового штата школы. Штат, утвержденный уже во время войны, 2 мая 1813 г., заключался в следующем: военное «Морское училище в Охотске учреждается для образования мореходцев и корабельных мастеров. …В училище полагается 20 учеников. Вступив в училище, ученики полагаются на действительной службе в звании рядовых. …Смотритель училища назначается из флотских штаб или обер-офицеров. Училище состоит под наблюдением охотского начальника». Там преподавались: закон божий, грамматика, каллиграфия, арифметика, геометрия, тригонометрия, алгебра, навигация, астрономия, геодезия, топография, география, история, статистика, корабельная архитектура, рисование, черчение планов и карт. Для морской практики ученики посылались на местных транспортах в плавание на Камчатку. Окончившие полный курс наук и побывавшие в морской практике, по результатам экзамена в присутствии всех морских офицеров Охотска производились в штурманы или подштурманы.

В 1817 г. командиром Охотского порта был назначен лейтенант князь А. Е. Шаховский. Первым делом он завел в Гижиге школу для детей казаков и привел в порядок Охотское морское училище, в котором сам без всякого вознаграждения стал преподавать математику. Уже через год в училище было 67 учеников. Он лично вел также навигацию и астрономию, им же было введено преподавание истории, географии и рисования. Кроме того, Шаховский произвел съемку северной части Охотского моря и Гижигинской губы, в этой работе ему помогали штурманы Г. Ф. Неродов и Д. В. Олесов (выпускник Охотской школы). Потом занятия вел лейтенант Повалишин, а с 1820 г. – лейтенант Захарьин. Однако офицеры должны были в первую очередь исполнять свои обязанности и училищем занимались в свободное от основной службы время, поэтому учителем был назначен подштурман Кашин. 1 января 1822 г. там было выпущено по экзамену 3 воспитанника в штурманские ученики.

С 1827 г. это учебное заведение полностью перешло из заведования Сибирского генерал-губернаторства в непосредственное подчинение Морскому ведомству и в дальнейшем было сведено в «Охотскую четвертьроту штурманских кондукторов, кадет и кантонистов46», со своим уставом, в котором говорилось: «Цель образования этой роты или училища есть снабжение Охотской флотилии знающими свое дело и опытными кондукторами, к которому присоединяется снабжение Порта по различным должностям: вахтерам, писарям и команды унтер-офицерами».

К тому времени в Охотском училище была создана библиотека (которая уже в 1823 г. насчитывала 344 книги), а с 1830 г. в городе работала и созданная офицерами общественная библиотека (в ней к 1850 г. насчитывался 2 151 том, по меркам Дальнего Востока – весьма значительное количество). Ученикам разрешалось пользоваться книгами и из этой библиотеки, что позволяло значительно улучшить учебный процесс.

Тем временем происходили некоторые улучшения и в содержании служащих Морского ведомства в Охотске. Еще 26 мая 1809 г. Сенат издал Указ «О производстве двойного жалования нижним чинам Охотской морской роты», 12 февраля 1830 г. последовал высочайший Указ морскому министру «О производстве порционных денег штурманским кондукторам, кадетам и ученикам наравне с гардемаринами». В 1837 г., по ходатайству командира Охотского порта и Охотского флотского экипажа капитана 2 ранга Н. В. Головнина, «всем нижним чинам морского ведомства в Петропавловском и Охотском портах» были пожалованы знаки «ОЭ» («Охотский Экипаж») и «КЭ» («Камчатский Экипаж») на арматуру киверов, была установлена и специальная форма для учеников Охотской роты штурманских кондукторов (мундир и брюки зеленого цвета, с красными погонами, на черном вороте – красный кант-выпушка, бескозырка зеленого цвета с двумя оранжевыми выпушками, серого цвета шинель с шестью пуговицами в один ряд, на мундире – 9 пуговиц в один ряд).