Поместное испанское дворянство также участвовало в конкисте, имея, по сути, ту же цель, что и отправлявшиеся в Америку беспоместные идальго – личное обогащение и захват земель. Участвовало в завоевании Америки и католическое духовенство, добычей которого в отличие от конкистадоров становились души индейцев. Католическая церковь, как и светская власть, горела желанием распространить влияние на новые земли. Миссионеры и проповедники продвигались рука об руку с завоевателями и убийцами. Не все были одинаково безжалостны к индейцам, особенно среди клира, иногда, находились люди, относившиеся если не с симпатией, то хотя бы с жалостью к туземному населению. Бартоломе де Лас Касас испанский монах-доминиканец, один из первых епископов будущей Мексики, был потрясен увиденным в Новом Свете. Перу этого монаха принадлежит знаменитый и хорошо иллюстрированный труд «Кратчайшая реляция о разрушении Индий» (исп. «Brevísima relación de la destrucción de las Indias»), где очень подробно, без всякой цензуры, описываются творимые испанскими конкистадорами зверства. Испанские авантюристы сжигали живьем и пытали захваченных в плен индейцев. В основном это делалось в корыстных целях. Грудным детям разбивали головы о стены. Мясо дикарей приравнивалось к мясу животных и использовалось как корм собакам. Бартоломе де Лас Касас после издания книги, на аудиенции у испанского короля Филиппа II, выступил с речью о божией каре, которая может ждать Испанию за творимые ею преступления. Епископ просил принять меры к наведению порядка в Америке и к обузданию всеобщего насилия. Многие из католического клира разделяли его точку зрения. Как и Лас Касас, они полагали, что лояльных туземцев не следует убивать, их просто нужно обратить в католичество.
Завоевание Америки испанцами происходило синхронно с ее открытием. Начало было положено захватом островов Карибского моря: Кубы, Гаити (Эспаньолы), Ямайки, Пуэрто-Рико. Столицей испанской Вест-Индии стал город Санто-Доминго на Гаити. Это старейшее из сохранившихся ныне испанских поселений в Новом Свете, первоначально носило название Новой Изабеллы.
Вторым шагом стала высадка на побережье самого американского континента. В 1509 году испанцы основали колонию на Панамском перешейке. Конкистадоры из команды Васко Нуньеса де Бальбоа вначале исследовали прибрежные земли а, затем, медленно двигаясь на запад, через перешеек, в 1513 году достигли побережья Тихого океана. В том же году морской экспедицией Хуан Понсе де Леона было исследовано побережье Флориды.
Материковые земли к северу от Кубы, тем не менее, до поры до времени, не привлекали внимания конкистадоров. Главной их целью была Мезоамерика. В 1517 году Франциско де Кордова исследовал полуостров Юкатан. В это же время происходит активное экономическое освоение уже захваченных островов Вест-Индии. Создаются энкомьенды, для работы в которых, местных индейцев оказывается недостаточно, и из Африки начинают завозиться чернокожие рабы. Еще в 1501 году на Эспаньолу прибывает первая партия с неграми. В 1518 году испанское правительство придает этой практике официальный статус, заключив на ввоз африканских невольников первые асьенто.
Эрнан Кортес талантливый и жестокий идальго, отца которого, де Лас Касас охарактеризовал как «мелкого, бедного дворянчика, которого он лично знал», попал в Америку в 1504 году, чтобы принять участие в покорении Кубы. В 1517 году Кортес слышит о воинственном и скопившем несметные богатства народе мешико, проживающем где-то на западе от Юкатана, во внутренних районах американского континента. Этот народ «мешико», мы знаем как ацтеков. Столкновение испанцев с империей ацтеков, было, вероятно, наиболее драматичным и ярким эпизодом покорения ими Америки.