В состав Кавказского военного округа вошли Кубанская, Терская и Дагестанская области, Закатальский округ, Ставропольская, Тифлисская, Бакинская и Эриванская губернии и Кутаисское генерал-губернаторство. Главнокомандующий Кавказской армией и наместник на Кавказе Михаил Николаевич стал одновременно главным начальником Кавказского военного округа. С учетом его высокого положения и особых условий региона за ним было оставлено прямое подчинение императору. За главнокомандующим[162] закреплялось право перемещать войска в округе по своему усмотрению, руководить всей их жизнедеятельностью и прохождением службы личным составом, в том числе и право «всех лиц в войсках и учреждениях, без всякого различия званий и чина, высылать из армии, отрешать от должностей и предавать военному суду, доводя до сведения Его Императорского Величества»[163].

Взаимоотношения главнокомандующего Кавказской армией с военным министром состояли в совместном решении тех дел, по которым требовалось распоряжение Военного министерства, а также в сношениях «во всех случаях вообще, когда встречается надобность в сообщении военному министру мнения или заключения»[164]. Д.А. Милютину удалось добиться включения в дополнение к Положению о военно-окружных управлениях от 6 августа 1865 г. так называемого надзорного пункта о том, что главнокомандующий на Кавказе «все дела, коих разрешение превышает власть, ему предоставленную», а также «дела, о которых считает нужным довести до сведения Его Императорского Величества» представляет на высочайшее усмотрение через военного министра[165].

Окружной штаб Кавказского военного округа имел расширенный состав, включавший в себя пять отделений: 1) строевое (по размещению и передвижению войск, организации их службы и обучения), 2) и 3) инспекторские (ведали «числительностью войск и личного состава», составлением сведений по инспектированиям, смотрам, ревизиям, годовому отчету), 4) по управлению и хозяйству иррегулярных войск и 5) хозяйственное (для ведения делопроизводства по материальному благоустройству войск). Кроме того, в состав штаба входили судная часть (делопроизводство по судным и следственным делам), канцелярия, окружной архив, типография, чертежная. Новым стало введение в состав штаба Кавказского округа военно-топографического отдела – для картографического и геодезического обеспечения войск округа (производство съемок, межеваний, составление карт местности и т. д.). При штабе было учреждено управление главного священника Кавказской армии.

Значительную самостоятельность в руководстве хозяйственным обеспечением войск Кавказского военного округа приобрел Военно-окружной совет. Дополнительные единицы в штатах получили окружные интендантское, артиллерийское, инженерное и военно-медицинское управления (возглавлялись, как и в ранее созданных округах, соответственно окружным интендантом, начальником артиллерии, начальником инженеров и военно-медицинским инспектором). Вводилась и должность окружного инспектора госпиталей, который избирался и назначался главнокомандующим.

В качестве самостоятельного отдела в состав военно-окружного управления было включено Кавказское горское управление, ведавшее местными административными учреждениями с участием представителей горских обществ (военно-народное управление). Управление имело 4 отделения (в том числе по заведованию школами); его начальник являлся членом Военно-окружного совета. Организационно-штатной структурой, подчиненной непосредственно главнокомандующему, являлось управление Походного атамана казачьих войск. При армии состоял полевой аудиториат, сохранявшийся до преобразования военно-судного дела.