Были введены также должности губернских воинских начальников, которые подчинялись начальникам местных войск и непосредственно ведали губернскими батальонами, создаваемыми в губернских городах (возглавлялись командирами батальонов), и уездными командами, формируемыми в уездных городах (возглавлялись начальниками команд). Губернские батальоны и уездные команды не создавались лишь в Финляндском и Варшавском военных округах, а также в Сибири и на Кавказе, где прежние формирования внутренней стражи были переименованы в «местные команды». В Варшавском и Финляндском округах они подчинялись непосредственно начальнику местных войск, в Западной Сибири и на Кавказе – командирам линейных батальонов, а в Восточной Сибири – командирам местных казачьих полков.

Еще одним существенным преобразованием в местном военном управлении, связанным с военно-окружной реформой, стало изменение статуса военных генерал-губернаторов, генерал-губернаторов и военных губернаторов, сопровождавшееся во многих случаях упразднением этих должностей или соединением их с должностями командующих войсками. Так, уже в сентябре 1864 г. в связи с учреждением должностей командующих военными округами и начальников местных войск многие военные губернаторы были освобождены от заведования караульной и гарнизонной службой войск и другими военными делами в подчиненных им губерниях (губернии) и переименованы в губернаторов с оставлением им функций только гражданского управления. В августе 1865 г. московский военный генерал-губернатор переименован в генерал-губернатора с освобождением от заведования военной частью. Этот процесс продолжался и в последующем.

В соответствии с планом распространения военно-окружной системы на восток России с конца 1864 г. велась активная подготовка к созданию Кавказского военного округа, а также сибирских округов. Разработку положений о новых округах военный министр поручил штабам Кавказской армии, войск Оренбургского края, войск Западной Сибири и войск Восточной Сибири с последующим рассмотрением подготовленных проектов положений в Военном министерстве. Между тем главнокомандующий Кавказской армией и наместник на Кавказе великий князь Михаил Николаевич (занимал указанную должность с 1862 г.) пытался противиться распространению окружной системы на Кавказ, ссылаясь на особые условия региона и сложившиеся традиции военного управления в крае. Его помощник генерал-лейтенант А.П. Карцов, руководивший разработкой Положения о Кавказском военном округе, писал Д.А. Милютину: «Кроме местных в крае начальников, противодействовавших введению военно-окружного управления из своих личных расчетов, на великого князя действовали петербургские интриганы… В некоторых частных письмах, полученных великим князем из Петербурга, часто пытаются представлять военно-окружную систему и Ваши действия по отношению к ней в неблагоприятном свете»[159].

В переписке Михаила Николаевича с Д.А. Милютиным конца 1864 г. великий князь выговаривал военному министру: «Вы главнокомандующего и наместника императора ставите в ряд с разными местными начальниками»[160]. Кроме того, он выражал недовольство распорядительным тоном военного министра, по его мнению, недопустимым при общении с главнокомандующим и наместником, «а тем более с братом государя»[161]. По поводу «распорядительного тона» Д.А. Милютину даже пришлось принести Михаилу Николаевичу свои извинения, но от своего замысла по созданию Кавказского военного округа он не отступал, ссылаясь на «высочайшее мнение» Александра II. Брату царя пришлось с этим смириться. По высочайшему указу от 6 августа 1865 г. были образованы Кавказский, Оренбургский, Западно-Сибирский и Восточно-Сибирский военные округа и принято соответствующее дополнение к Положению о военно-окружных управлениях (указ был объявлен приказом военного министра от 10 августа 1865 г.).