В 1862–1865 гг. в России было создано 14 военных округов: Петербургский, Финляндский, Виленский, Варшавский, Рижский, Киевский, Одесский, Харьковский, Московский, Казанский, Кавказский, Оренбургский, Западно-Сибирский и Восточно-Сибирский. К концу 1865 г. военно-окружная система охватывала почти всю территорию страны, не считая земель Средней Азии, за которые русские войска продолжали борьбу. Вне военно-окружного деления находилась также область войска Донского, что объяснялось его ведущим положением в системе казачьих войск, а также тем, что данная область к этому времени имела хорошо налаженную и устойчивую структуру управления.

Вторая половина 1860-х гг. была отмечена активизацией военных действий русских туркестанских войск против Бухарского эмирата (основу этих войск составляли отряды, направленные из Оренбургского и Западно-Сибирского военных округов). Вслед за Ташкентом были заняты Ходжент, Ура-Тюбе и Джизак. Еще до завершения Бухарских походов 1866–1870 гг. возникла необходимость упорядочить управление туркестанскими войсками, имевшими преимущественно отрядную структуру и слабо организованный тыл. С этой целью 13 июля 1867 г. был образован Туркестанский военный округ во главе с командующим – генерал-лейтенантом К.П. Кауфманом (ранее возглавлял Виленский округ), одновременно получившим должность генерал-губернатора. В состав вновь образованного округа вошла переданная из Оренбургского округа Туркестанская область, а из Западно-Сибирского – часть Семипалатинской, которые образовали две новые области – Сырдарьинскую и Семиреченскую.

В дополнении к Положению о военно-окружных управлениях по его применению к Туркестанскому военному округу уточнялось, что этот округ в военно-административном отношении образуют «Туркестанская область вместе с Юго-Восточной частью Семипалатинской области от Тарбагайского хребта»; «Туркестанский военный округ реками Курогаты и Кара-Су разделяется на две области: Сырдарьинскую и Семиреченскую»[168]. Непосредственное заведование войсками и учреждениями, располагавшимися в Сырдарьинской и Семиреченской областях, было поручено военным губернаторам – командующим войсками в этих областях, подчиненным генерал-губернатору – командующему войсками округа. Во вверенных им областях они соединяли в себе военное и военно-народное управление.

«По особому положению края» командующему войсками Туркестанского военного округа были предоставлены большие права, чем командующим войсками округов Европейской России. Кроме того, под его командование перешла Аральская военная флотилия. Управление округа имело те же отделы (части), но получило несколько расширенные штаты, в основном за счет сокращения состава управлений уменьшившихся в территориальном отношении Оренбургского и Западно-Сибирского округов. В целях решения сложных задач материального обеспечения туркестанских войск, совершавших боевые походы в пустынной местности, дополнительные полномочия получил Военно-окружной совет. Для военно-географического изучения районов Средней Азии в составе штаба Туркестанского округа предполагалось создать военно-топографический отдел.

Высочайший указ от 13 июля 1867 г. предусматривал и другие организационные изменения. В связи с сокращением штатов окружных управлений Оренбургского и Западно-Сибирского военных округов артиллерийские и инженерные управления этих округов стали возглавлять заведующие артиллерийской и инженерной частями (вместо начальников артиллерии и инженеров). В Туркестанском, Оренбургском и Западно-Сибирском округах была упразднена должность окружного инспектора госпиталей, его обязанности возложены: в Сырдарьинской и Семиреченской областях – на командующих войсками в этих областях; в оставшейся в составе Западно-Сибирского округа северной части Семипалатинской области – на командующего войсками области сибирских киргизов; в других местностях Западно-Сибирского округа и в сохранившейся части Оренбургского военного округа – на начальников окружных штабов. В Западно-Сибирском и Оренбургском округах начальникам окружных штабов было поручено исполнять также обязанности начальников местных войск.