Император назначил преемником завоевателя Африки своего племянника Германа, который умер по пути и был заменен евнухом Нарсесом. Этот фаворит двора, которому были предоставлены последние ресурсы Империи, вошел в Иллирию с мощной армией, в которой преобладали варвары: гунны, герулы, лангобарды и славяне. Он прибыл в Равенну, двинулся навстречу врагу, встретил его у Лентагио, недалеко от Ночеры, и разбил Тотилу, который был убит в схватке (552 год). В следующем году Нарсес одержал еще одну победу над Теей, преемником Тотилы, который также погиб в этом сражении на берегах Драко, близ Кумы. Армия помощи, отправленная из Австразии, прибыла слишком поздно; более того, франкские генералы Лейтарис и Буцеллин, разделив свои силы, были разбиты по очереди. Монархия восточных готов перестала существовать. Брат Теи, Алигерн, и другие вожди нации заключили мир с Нарсесом. Немногочисленные уцелевшие побежденные получили разрешение забрать свои богатства при условии изгнания.

В то самое время, когда Нарсес вновь завладел Италией, готы в Испании оказались полностью погружены во внутренние раздоры. После смерти Теудиса Атанагильд, соперник Агилы за корону, попросил поддержки у Юстиниана, который отправил ему флот под командованием патриция Либерия. В награду за эту услугу король вестготов уступил императору Валенсию и восточную Бетику, так что в тот момент в Константинополе можно было поверить, что власть над двумя бассейнами Средиземного моря была восстановлена.

Завоевания Юстиниана на Западе встревожили персидского царя Хосрова. По истечении перемирия 544 года он захватил крепость Петра и задумал переселить непостоянных лазов, когда измена Гулазе, царя Колхиды, сделала его положение критическим (548 год). Имперские легионы под командованием Дагистея одержали множество успехов у устья Фасиса. Персы потеряли позиции и были вынуждены оставить Колхиду (555 год). В конце концов переговоры привели к договору, который восстановил старые границы двух империй. Юстиниан оговорил свободу совести для христиан Персии и обязался, при этом условии, платить царю Хосрову дань в три тысячи золотых монет (562 год).

Во время этого временного затишья на Востоке орды аваров, преследуемые тюрками, прибыли на северные берега Черного моря под предводительством Барана, прося разрешения сражаться с врагами Империи. Юстиниан поспешил предоставить свою защиту этим добровольным союзникам, полагая, что таким образом обезопасит свои границы от варваров с берегов Дуная (558 год). Внезапно произошло грозное вторжение. Булгары с Волги, недавно обосновавшиеся в Дакии, увлекая за собой славян, перешли Дунай по льду, чтобы опустошить Фракию. Под командованием Забергана они продвинулись за стену Анастасия, угрожая столице. Велизарий, всегда находившийся в фаворе в моменты опасности, возглавил дворцовую стражу и жителей города, поспешно вооруженных. Булгары были отброшены за Дунай (559 год). Спаситель Империи, как только исчезла всякая опасность, вернулся в уединение. Два года спустя он был обвинен в участии в заговоре против жизни императора. Его имущество было конфисковано, а его завистники торжествовали. Он умер через восемь месяцев. Легенда о несчастьях этого героя, ставшего слепым и нищим, не имеет иного основания, кроме недостоверного свидетельства монаха XII века по имени Цец.

Юстиниан умер в 565 году после тридцати восьми лет правления, которое не обошлось без бедствий. Землетрясения потрясли Восток; чума нанесла такие опустошения, что более четырехсот тысяч человек погибли в Константинополе; наконец, голод опустошил целые области. Что касается этого императора, чье имя дошло до потомков, окруженное определенным ореолом, он не был ни добрым, ни великим, ни честным, ни справедливым. Трибониан руководил составлением его кодексов, Велизарий и Нарсес побеждали за него. Плохое поведение Юстиниана, говорит Монтескье, его расточительность, притеснения, грабежи, страсть к строительству, изменениям, реформам, непостоянство в замыслах, жесткое и слабое правление, ставшее тягостным из-за долгой старости, были настоящими несчастьями, смешанными с бесполезными успехами и тщеславной славой. Он увлекался цирковыми играми до забвения всякого достоинства; разжигая вражду между Синими и Зелеными, что привело к восстанию Ника, в котором погибли тридцать тысяч граждан. Мятежники провозгласили императором племянника Юстиниана по имени Ипатий. Опасность была так велика, что Юстиниан был спасен лишь благодаря смелости своей жены и преданности Велизария. Он обложил Империю непомерными налогами, истощая накопленные таким образом массы золота, либо в виде дани варварам, либо на строительство зданий. Так была возведена базилика Святой Софии, ныне превращенная в мечеть.