В соответствии с Карантинным уставом 1832 года Таможенная пограничная стража была переименована в Пограничную стражу, а также кордонную стражу в Закавказском крае10. Высочайшим указом 1835 года было определено, что всю стражу, независимо от того, возложена на нее охрана границы в карантинном отношении или нет, именовать Пограничной стражей с задачей охраны границы в экономическом отношении и ведения пограничного надзора. На Пограничную стражу были возложены следующие обязанности: «недопущение провоза и переноса товаров и задержание их, а также недопущение проезда и перехода лиц через границу не в указанных таможенными учреждениями местах; прекращение буйств, грабежей и всяких беспорядков на пограничной черте; осуществление в некоторых местах границы Империи карантинного надзора; оказание помощи судам, бедствующим по близости берегов, в спасении людей, находящихся на них и в сохранении имущества судов, потерпевших крушение»11.
Опять же Пограничная стража подчинялась гражданским чиновникам Департамента внешней торговли в лице начальников таможенных округов.
Такое положение дел в Пограничной страже существовало до 1846 года, когда в ходе реорганизации, оперативная работа по охране границы перешла в ведение строевых начальников. Одновременно с реорганизацией, для «ударных» работ по пограничному надзору, в местах наиболее пораженных контрабандой, при таможенных пограничных округах были созданы подвижные колонны и небольшие по количеству лиц, команды. Впоследствии подвижные колонны были упразднены и их работу, которая имела случайный характер, выполняли организованные при бригадах учебные команды по подготовке начальствующего состава. Рядовым составом Пограничная стража комплектовалась из обученных, хорошо грамотных, расторопных и хорошего поведения солдат пехотных и кавалерийских частей. Но так как части неохотно давали лучший состав, а наоборот, старались сбывать неспособный к службе, то с 1871 года было решено Пограничную стражу комплектовать рекрутами на общих основаниях с полевой армией.
Получив в 1827 году вполне военное устройство, Пограничная стража, в главных чертах, сохранила это устройство до войны 1914 года. Тем не менее, с течением времени возникла необходимость внести изменения в ее устройство, вследствие чего Пограничная стража заняла первую линию, а на второй – были оставлены казачьи полки. Но значительные расходы на содержание казачьих полков на германской и австрийской границах, передвижение их через каждые три года с Дона на границу и обратно, а равно постоянные столкновения стражи с казаками и, наконец, частые злоупотребления казаков при отправлении пограничной службы, вызвали необходимость снять казаков со второй лини, а взамен их усилить таможенную стражу, что и было осуществлено в 1831 году.
С 1846 года командиры Пограничной стражи стали принимать участие в таможенном надзоре за границей и наблюдать за служебной деятельностью таможенников – гражданских чиновников. Тогда же надзиратели, их помощники и запасные офицеры стражи были заменены кадровыми войсковыми офицерами.
В виду назревшей потребности иметь кадры хорошо обученных и грамотных солдат, испытанной нравственности, для заполнения ими должностей вахмистров и унтер-офицеров, 5 ноября 1850 года в каждой бригаде были учреждены учебные команды. С их возникновением были упразднены существовавшие до этого времени запасные и подвижные колонны.
В 1851 году была снята таможенная граница между Российской Империей и Царством Польским, входившим в ее состав на правах автономии. Это событие вызвало необходимость увеличения штата Пограничной стражи, поэтому она стала комплектоваться солдатами по призыву. Для их подготовки в бригадах были созданы особые учебные команды.