В 1854 году регулярные кавалерийские и пехотные части вновь заменяются казаками. Сразу же усилилась контрабанда, участились случаи грабежей. Поэтому для усиления Пограничной стражи в Юрбургский таможенный округ был введен пехотный полк, две роты которого укрепили погранстражу на австрийской границе в Радзивиловском таможенном округе.

Практика усиления Пограничной стражи в 70-е годы XIX века была обычным явлением. На протяжении 50—60 годов совершенствовалась структура самой Пограничной стражи. Так, 4 сентября 1852 г. полубригады были преобразованы в бригады, а надзиратели и их помощники стали именоваться отрядными офицерами, т.е. проходил дальнейший процесс приближения пограничных формирований к воинским.

В 1856 году таможенные органы были переданы от Департамента внешней торговли в Департамент таможенных сборов, которому стали подчиняться начальники таможенных округов и Пограничная стража.

Важным нововведением явилось комплектование Пограничной стражи рекрутами в соответствии с указанием военных округов от 8 мая 1861 г.

С сентября 1861 г. инспекторами Министерства финансов по Пограничной страже стали назначаться офицеры или лица из числа военных, чего не было раньше.

С давних времен по берегам Балтийского моря и Финского залива существовало значительное количество контрабанды: чай, соль, спирт, ром и др. спиртные напитки, приносили казне громадные убытки. В целях противодействия проникновения контрабанды с моря, усиливалась численность Пограничной стражи, но эта мера не имела успеха, так как береговая пограничная стража располагала небольшим числом малых катеров и лодок, на которых невозможно было преследовать контрабандистов далеко в море, тем более, что чины стражи были мало знакомы с морским делом, а контрабандистские суда нередко были вооружены. В виду этого возникла необходимость организовать морской таможенный надзор по берегам Балтийского моря особой крейсерской флотилией, к созданию которой приступили в 1872 году. В 1873 году в состав Балтийской флотилии были включены 10 паровых винтовых судов, паровой спасательный катер и 101 шлюпка. Согласно положению о Балтийской флотилии, суда которой составляли часть военного флота и были зачислены в его списки, но по особенности возлагавшихся на них обязанностей, находились в полном распоряжении и подчинении Министерства финансов. В дальнейшем, при организации действий флотилии, стало заметно меньше контрабанды на Балтийском побережье.

Охрана границ на Черном, Каспийском и Азовском морях, при помощи судов, была начата значительно раньше организации морской охраны на Балтийском побережье (с 1831 года). Со временем морская Пограничная стража значительно увеличивается как личным составом, так и судовыми единицами.

В 1875 году роты Пограничной стражи были преобразованы в отделы, а ротные командиры стали командирами отделов, что давало право на штаб-офицерский чин. Вскоре и вся структура пограничной стражи приобрела иной вид: бригада – отдел – отряд – пост.

С июня 1878 года Пограничная стража уже стала воинским формированием, исполняющим в мирное время специальные обязанности, а в военное входящим, на известных принципах, в состав действующей армии. Протяженность границ, которые охранялись Пограничной стражей, к этому времени составляла 13 918 верст. В 1882 году было установлено, что в военное время пограничная стража включается в состав мобилизуемых войск.

В 1886 году встал вопрос о ненормальности командного управления Пограничной стражей в лице начальников таможенных округов и директора Департамента таможенных сборов, т.е. гражданских лиц, тогда как пограничная стража имела строго военную организацию. Наряду с этим определялось, что из необходимости сохранения и даже усиления войсковой организации Пограничной стражи, не следует делать вывода, что в соответствии с этим должно измениться само непосредственное назначение пограничной стражи и отношение ее к военному ведомству. Имея строго военную организацию, Пограничная стража тем не менее должна, прежде всего, служить тем интересам, для которых она предназначена и занятие специально военное, должно иметь место, так как это необходимо для ознакомления чинов с военным делом, а остальные занятия – на укрепление специальной пограничной службы, имеющей важное государственное значение.