Но и эта организация, видимо, не совсем отвечала требованиям и задачам охраны границы и казачья стражу была заменена войсковыми командами, поступившими в распоряжение гражданских чиновников финансового ведомства. Эта реорганизация произошла на основе «Положения об устройстве пограничной таможенной стражи» утвержденного 5 августа 1827 года императором Николаем I, с тем, чтобы она действовала «на твердых воинских началах».

Генерал от артиллерии граф Е. Ф. Канакрин, бывший в то время министром финансов, обосновывая это нововведение, писал императору: «Главные перемены состоят в твердом воинском разделении стражи, в назначении воинских командиров, в точном определении обмундирования и прочих снаряжений… Хотя таковая стража и не может быть в виде совершенно регулярного войска по рассеянности оной, но должна быть приближена к воинскому порядку». На основании положения, вместе с увеличением стражи на первой линии, была проведена очередная реорганизация первой и второй линий охраны границы.

Согласно положению, главное управление и руководство таможенной пограничной стражей было сосредоточено в Департаменте внешней торговли, преобразованным в 1864 году в Департамент таможенных сборов Министерства финансов, где было отделение пограничного надзора. Для наблюдения за службой и деятельностью пограничной стражи и инспектирования ее, при Министерстве финансов состояли два штаб-офицера с правами командиров бригад.

По утвержденному положению об устройстве Таможенной пограничной стражи, на европейской границе она была разделена на бригады, полубригады и роты, переименованные впоследствии в отделы. Охрана белорусского участка западной границы была возложена на Гродненскую бригаду (3 роты) и частично на Виленскую (4 роты).

Командирами бригад, полубригад и рот назначались офицеры. Таможенная пограничная стража, до некоторой степени, приняла вид воинской части, но руководили ею лица, состоящие на гражданской службе в таможенном ведомстве. С введением данного положения, начальники воинских частей находились в полной зависимости от начальников таможенных округов и без особого поручения последних не имели права вмешиваться в дело таможенного пограничного надзора, т.е. вмешиваться в установление способов охраны границы и принятия мер к предотвращению перемещения контрабанды, что входило в обязанности и их помощников, находившихся при начальнике пограничной стражи. В обязанность начальников воинских частей входило, главным образом, заведование хозяйством части и наблюдение за общим порядком пограничного надзора.

Таким образом, начальники строевых частей занимались строевой и административно-хозяйственной деятельностью, а вся оперативная работа по пограничному надзору была сосредоточена в руках таможенных надзирателей, которые не входили в состав бригад и непосредственно подчинялись начальнику таможенного пограничного округа. Вместе с тем, положение установило единый военный порядок в службе, вооружении, снаряжении, обмундировании и быте личного состава Таможенной пограничной стражи. В этот период граница становится важнейшим элементом защиты экономических интересов государства. Установленный для Таможенной пограничной стражи 5 августа 1827 года статус войск, сохранился, с небольшими перерывами, до наших дней.

При задержании контрабанды не обходилось без вооруженных стычек. Контрабандисты, как правило, были хорошо вооружены, пограничники, хотя и были вооружены, но применять оружие не имели права. Лишь в 1829 году в целях «отражения всякого вооруженного нападения или вооруженного сопротивления, отражения нападения или сопротивления, хотя и не вооруженного, но сделанного несколькими лицами или даже одним лицом, но при таких обстоятельствах и условиях, когда чинам Пограничной стражи угрожала явная опасность, когда задержанные лица делают попытку к бегству не окажется возможным настичь их»