В системе трансцендентального идеализма взаимоотношения между двумя основными науками изложены более резко, чем во введении к наброскам системы натурфилософии. «Всякое знание, – утверждает он, – основано на согласии объективного с субъективным. Ибо известно только то, что истинно; истина же обычно помещается в соответствие идей с их объектами. Олицетворением всего сугубо объективного в нашем познании можно назвать природу: олицетворение же всего субъективного называется Я или интеллект. Эти два понятия противоположны. Интеллект первоначально понимается как то, что можно только вообразить, природа – как то, что можно только воспринять, первое – как то, что сознательно, второе – как то, что бессознательно. Но в любом познании необходимо взаимное совпадение того и другого (сознательного и бессознательного), и задача состоит в том, чтобы объяснить это совпадение. В самом знании – в том, что я знаю, – объективное и субъективное настолько едины, что невозможно сказать, что из них приоритетно. Здесь нет ни первого, ни второго, оба они одновременны и едины. Желая объяснить это тождество, я уже должен отменить его. Чтобы объяснить его, я должен, поскольку кроме этих двух факторов познания (как объяснительного принципа) мне ничего другого не дано, обязательно поставить один перед другим, исходить из одного, чтобы от него прийти к другому; из какого из двух я исхожу, не определяется задачей». Теперь возможны два случая. Либо объективное делается первым, и ставится вопрос о том, как к нему добавляется субъективное, согласующееся с ним, или как к природе добавляется разумное, в понятии которого не лежит, что есть и разумное, из которого оно мыслится, или как природа становится мыслимой; либо субъективное делается первым, и ставится задача о том, как к нему добавляется объективное, согласующееся с ним. Сделать объективное первым, чтобы из него вывести субъективное, – задача натурфилософии, – исходить из субъективного как первого и абсолютного и позволить объективному возникнуть из него – задача трансцендентальной философии. «Натурфилософия и трансцендентальная философия разделились, таким образом, на два возможных направления философии, и если всякая философия должна исходить или из того, чтобы сделать интеллект из природы, или природу из интеллекта, то трансцендентальная философия, имеющая последнюю задачу, есть другая необходимая основная наука философии».

Несомненным усовершенствованием его учения явилось то, что Шеллинг вернулся от предположения о двух основных науках. Ведь если природа, которая становится объектом, и разум, который становится субъектом сознательного воображения, – одно и то же, то задача, которую должна решить трансцендентальная философия, а именно показать, как субъект обретает объект и тем самым становится реальным субъектом, ничуть не отличается от задачи, поставленной перед натурфилософией, а именно показать, как объект становится объектом для субъекта и тем самым реальным объектом. Построения обеих наук имеют одну и ту же конечную точку: сознательно воображаемую природу и сознательно воображаемый разум в их единстве в сознательном воображении. Обе науки в своих построениях должны исходить из одной и той же точки. Ибо натурфилософия должна исходить из того, что само по себе еще ни в коей мере не является объектом для субъекта, а только начинает им становиться, а трансцендентальная философия должна исходить из того, что само по себе еще ни в коей мере не является субъектом, поскольку у нее еще нет объекта, который необходим ей для того, чтобы быть субъектом; Но то, что сначала становится объектом, порождая из себя принадлежащий ему субъект, и то, что сначала становится субъектом, порождая из себя принадлежащий ему объект, – это, по Шеллингу, одно и то же: Абсолют, тождество сознательно воображаемого субъекта и сознательно воображаемого объекта, который как таковой еще не является ни тем, ни другим, ни сознательно воображаемым субъектом, ни человеческим «я», ни сознательно воображаемым объектом, ни совершенной природой, но сначала превращает себя в обоих, и действительно превращает себя в каждого из них, превращаясь в другого. Обе науки конструируют один и тот же процесс развития, процесс развития Абсолюта, который на самом низком уровне может быть понят и как продуктивная или реальная деятельность, или как объект, для которого еще не хватает субъекта, и как идеальная деятельность или бессознательное созерцание, или как субъект, для которого еще не хватает объекта, бытию, которое есть материальная природа и в высших образованиях этой материальной природы, человеке, порождает сознательное воображение, объектом и субъектом которого оно является, – историю бытия Абсолюта, которая есть история его самосознания. Шеллинг отнюдь не считал, как это может показаться на первый взгляд из выражения, что натурфилософия и трансцендентальная философия различаются противоположными направлениями своих задач, что процесс развития Абсолюта должен быть построен натурфилософией только по прогрессивному методу, а трансцендентальной философией – по регрессивному методу. Трансцендентальная философия тоже должна подняться до понятия Абсолюта, чтобы воспроизвести развитие последнего в самосознающее «я» (точнее, во множественность самосознающих «я»). Различие существует лишь постольку, поскольку натурфилософия поднимается сначала от объекта, как он присутствует в сознательном восприятии, т.е. от законченной природы, а трансцендентальная философия – от сознательно воображающего субъекта, законченного «я», к абсолюту, или, что то же самое, поскольку первая подходит к своей задаче – повторению процесса развития абсолюта в мышлении – от материалистического, а вторая – от идеалистического представления о вещах. Для решения этой задачи это различие имеет лишь то следствие, что ступени развития Абсолюта в натурфилософии обозначаются физически, в трансцендентальной философии психологически, что, например, то, что в развитии Абсолюта как природы называется электричеством, в развитии его же как интеллекта называется ощущением (именно бессознательным ощущением всеобщего духа).