Эта точка зрения подтверждается системой трансцендентального идеализма и последующими работами. Метод трансцендентальной философии, поясняет система, он состоит в том, чтобы вести «я» от одной ступени самоощущения к другой до того момента, когда оно позиционируется со всеми детерминациями, содержащимися в свободном и сознательном акте самосознания. Первым, из которого исходит вся история интеллекта, является акт самосознания, в той мере, в какой он не свободен, но еще бессознателен. В этом акте Я представляет собой как бы точку, с которой начинается построение материи. Продуктом первых актов Я является материя, Я конструирует себя, конструируя материю, Я остается тождественным с материей в первых актах, посредством которых оно конструирует себя.

Материя – это погасший дух, или, наоборот, дух – это материя, видимая только в своем становлении. «Увидеть объективное в его первом возникновении, говорится в очерке об истинном понятии натурфилософии, можно, только депотенцировав объект всякого философствования, находящийся в высшей потенции – Я, и построив его с самого начала с этим объектом, сведенным к первой потенции». «Благодаря тому, что чистый субъект-объект постепенно становится полностью объективным, …. идеальная (созерцательная) деятельность сама собой поднимается до „я“, т.е. до субъекта, для которого этот субъект-объект (это идеально-реальное) сам является объектом. Таким образом, с точки зрения сознания природа представляется мне объективной, а „я“ – субъективным; поэтому с этой точки зрения я не могу выразить проблему натурфилософии иначе, чем так, как она выражена во введении к моей системе идеализма, а именно: позволить субъективному возникнуть из объективного. В переводе на высший философский язык это означает примерно следующее: позволить субъекту-объекту сознания возникнуть из чистого субъекта-объекта». «Даже в системе идеализма, для того чтобы привести теоретическую часть, я должен был позиционировать „я“ … как бессознательное. Но Я, в той мере, в какой оно бессознательно, не есть – Я; ибо Я есть субъект-объект лишь постольку, поскольку оно осознает себя таковым. Акты, которые существуют как акты Я… на самом деле являются актами чистого субъекта-объекта и как таковые еще не являются ощущениями, восприятием и т.д., которыми они становятся только через возвышение в сознание».

Хотя между задачей, которую Шеллинг ставил перед трансцендентальной философией, и задачей, которую он ставил перед натурфилософией, нет никакой разницы, тем не менее разница, и весьма существенная, между теми объяснениями, которые он давал этим двум наукам. Трансцендентальная философия не ограничивается в своей реализации решением поставленной перед ней задачи. Она полагает, что еще не достигла своей цели построением «Я», ставшего сознательным и тем самым только действительно ставшего «Я», но хочет также стать учением о сознательной духовной жизни и в этом качестве заложить основу для учения о праве, учения о морали, философии истории и философии искусства.

После того как Шеллинг признал, что трансцендентальная философия, в той мере, в какой она показывает, как «я» производит объект своего воображения и тем самым достигает сознания, совпадает с натурфилософией, она, следовательно, не была для него совершенно излишней. Она стала для него наукой, вытекающей из натурфилософии, только благодаря выделению из нее раздела, который мог быть только повторением натурфилософии. Теперь он различал две части всей системы философии: реалистическую, образованную натурфилософией, и идеалистическую, начало которой было связано с концом последней. «Задача, говорит он в работе об истинном понятии натурфилософии, состоит в следующем: сделать субъект-объект таким объективным и вывести его из самого себя до той точки, где он совпадает с природой (как продуктом) в одно; точка, где он становится природой, есть также точка, где неограниченное в нем поднимается до ego и где совершенно исчезает противоположность между ego и природой, совершающаяся в обыденном сознании, natura – ego, ego – natura. С этого момента, когда все, что в природе еще является деятельностью (не продуктом), перешло в Я, природа продолжается и живет только в Я; Я теперь едино и все, и в нем все решено. Но именно с этого момента начинается идеализм». «Система познания может… иметь только две основные части: чисто теоретическую, или реалистическую, и практическую, или идеалистическую…. Только не следует думать, что эти части так разделены в самой системе, как я их здесь представляю. В последней существует абсолютная преемственность, это непрерывный ряд, восходящий от простейшего в природе к высшему и наиболее сложному – произведению искусства».