В «Трактатах по объяснению идеализма учения о науке» даются следующие сведения о происхождении сознания. То, что дух приходит к сознанию, означает не что иное, как то, что он, потеряв себя в материи, различает и отделяет себя и действие, посредством которого возникает его продукт, от самого продукта, или свою деятельность в воображении от объекта воображения, и таким образом противостоит своему продукту и объекту как внешний мир. Этот акт различения и отделения или отрыва себя от объекта не может быть объяснен иначе, как самоопределением разума. «Ум определяет себя для этого, и, определяя себя, он это делает. Это импульс, который дух дает себе сверх всего конечного… Это самоопределение духа называется волением. Дух волит, и он свободен. Никаких других причин для того, что он волит, быть не может. Ведь именно потому, что этот акт происходит сам по себе, он и есть воление… Возникал вопрос: как дух непосредственно осознает свое действие? Ответ: оторвавшись от объекта, что опять-таки невозможно без абсолютного действия. Но действовать абсолютно – значит волить. Таким образом, дух непосредственно сознает свое действие только „в“ желании, а акт желания вообще есть высшее условие самосознания». «Дух есть первоначальное воление». —

Описанная выше одновременно идеалистическая и материалистическая картина мира, к которой взгляды, развитые в лейпцигских работах Шеллинга, образуют переход от идеализма Фихте, недвусмысленно проявляется в первых йенских работах – «Первом наброске системы натуральной философии» вместе с введением к нему и связанной с ним системой трансцендентального идеализма.

Уже в определении задачи философии они соединяют с предпосылкой, что дух, а именно абсолютный дух, который производит природу через «бессознательное» созерцание и посредством этого производства порождает конечные сознательные духи, есть все, другую, что материальная природа не просто явление, а имеет реальное существование, что кроме нее ничего нет и что сознательный дух человека есть высший продукт природы, высшее развитие производительности природы.

В «Идеях натурфилософии» Шеллинг разделил философию на теоретическую и практическую и выделил в каждой из этих двух наук чистую и практическую часть. Чистая теоретическая философия, по его мнению, должна заниматься лишь исследованием реальности нашего знания вообще, отвечать на вопрос, как существует мир вне нас, как возможна природа, а значит, и опыт, или как возникают в нас представления о внешних вещах; прикладная же философия, называемая философией природы, отвечает за выведение из принципов определенной системы нашего знания, т.е. системы всего опыта. Прикладная практическая философия, или философия человека, имеет задачу дать истории научное основание точно так же, как прикладная теоретическая философия, или философия природы, дает эмпирическую теорию природы. Во введении к «Первому наброску» натурфилософии, напротив, отводится значение главной части философии и противопоставляется трансцендентальная философия как другая главная часть. Интеллект, согласно этому трактату, действует двумя способами: либо слепо и бессознательно, либо свободно и сознательно. Бессознательная деятельность предстает перед нами в закономерности всех движений природы, например, в возвышенной геометрии, осуществляемой в движении небесных тел, в закономерных формах, которые природа порождает там, где, как при переходе из жидкого состояния в твердое, она полностью перегружена собой, в целенаправленном устройстве организмов, в искусственных инстинктах животных. Это бессознательная, но изначально связанная с сознанием продуктивность, простой рефлекс которой мы видим в природе и которая с точки зрения естественного взгляда должна выглядеть как один и тот же инстинкт, который от кристаллизации до вершины органического образования активен лишь на разных стадиях. Сделав бессознательную деятельность интеллекта тождественной сознательной, философия изначально стремится везде «отвести» реальное от идеального (под реальным, видимо, следует понимать материальное, под идеальным – духовное, хотя Шеллинг также называет бессознательную психическую деятельность реальной, сознательную – идеальной), и из этого возникает то, что называется трансцендентальной философией.