Испанский 74-пушечный корабль также вел огонь по французским батареям, и перестрелка продолжалась день за днем в течение нескольких недель, с небольшими перерывами. В течение этого времени из разных мест были доставлены на кораблях войска, которые были откомандированы для этой цели; и прибыли неаполитанские 74-пушечные корабли «Гвискардо» и «Танкреди». Ночью 30 сентября французы захватили высоты Фарона; но на следующий день они были изгнаны оттуда бригадным генералом лордом Малгрейвом, адмиралом Гравиной и капитаном Элфинстоуном.
Наполеон Бонапарт принял заметное участие в этом деле, и, что также интересно отметить, Нельсон присутствовал здесь, командуя «Агамемноном».
5 октября неаполитанский корабль «Самнита», сопровождая транспорты с войсками, вошел в гавань; и 8 октября было решено уничтожить некоторые батареи, которые французы недавно возвели, чтобы угрожать кораблям в гавани. Их той ночью атаковали отряды британцев, испанцев, пьемонтцев и неаполитанцев, и орудия, которые французы не смогли увезти, были уничтожены.
В Тулоне находилось всего 2100 британских солдат; и между испанцами и британцами было много трений. Однажды де Лангара даже зашел так далеко, что тайно угрожал лорду Худу. Подкрепления были получены от Великого магистра Мальты; и другие войска перебрасывались из Неаполя и Сицилии, пока в начале ноября у союзников не оказалось в этом месте почти 17 000 человек. Но только 12 000 были пригодны для службы, и три четверти из них должны были фактически находиться на линии обороны. Более того, они были пяти разных национальностей. С другой стороны, вокруг Тулона находилось по крайней мере 30 000 французов под командованием генерала Дюгомье. Тем не менее, в ночь на 15 ноября союзники добились некоторых небольших успехов в Балагье; но 30 ноября они столкнулись с серьезным сопротивлением при попытке захватить укрепления напротив форта Мальбускет.
В начале декабря французская осаждающая армия увеличилась по крайней мере до 45 000 человек, в то время как имеющаяся сила осажденных составляла менее 11 000 человек, большинство из которых было распределено по линии укреплений длиной в пятнадцать миль. Ночью 14 декабря, пока бушевал шторм, французы приблизились к укреплениям одновременно в трех разных точках и начали свои последние операции. К полудню 17 ноября они захватили форт Малгрейв на высоте Балагье и овладели укреплениями на Фароне, так что линия обороны была прорвана в двух важных местах. Многим кораблям союзников пришлось срочно сниматься с якоря и отступить в более безопасные места. Был немедленно созван военный совет, состоящий из союзных морских и военных командующих, и было единогласно решено эвакуировать Тулон, как только будут сделаны необходимые приготовления, чтобы увести корабли, а вместе с ними и тех роялистских повстанцев, которых можно было эвакуировать; и уничтожить оставшиеся французские корабли вместе с арсеналом и военными складами. Настолько решающим было преимущество, полученное осаждающими, что военный совет стремился приступить к этим мерам той же ночью. Войска с дальних постов были быстро, но тихо отозваны; но организованной эвакуации фортов Мальбуске и Мьеси помешала паника, охватившая неаполитанских солдат, которые в большом замешательстве вернулись на свои корабли.
Важная задача уничтожения французских кораблей и складов была поручена, по его собственной просьбе, капитану сэру Уильяму Смиту, который прибыл в Тулон в качестве добровольца на «Своллоу», небольшом судне, купленном и укомплектованном им в Смирне. Днем 18 ноября «Своллоу» с тремя испанскими и тремя британскими канонерскими лодками вошел во внутреннюю гавань и, несмотря на падающие ядра с батарей осаждающих и сильный огонь приближающихся французских войск, начал выполнение своей задачи около 8 часов вечера. Брандер «Вулкан» был отбуксирован в бассейн и размещен в наиболее выгодной позиции поперек линии французских военных кораблей. В 10 часов вечера он и все бочки с порохом, уложенные у стен складов были одновременно обстреляны. Немедленно вспыхнуло гигантское пламя. При его свете британцы поспешно пытались завершить свою миссию по уничтожению, в то время как французы, приближаясь извне все ближе, пытались уничтожить или отогнать малые корабли-диверсанты союзников. Опасность ситуации, похоже, оказалась слишком велика для испанцев, которые сотрудничали со Смитом. Их даже, и с некоторой долей обоснованности, обвиняли в преднамеренном предательстве. Вместо того чтобы потопить «Айрис» (32),* который был нагружен огромным количеством пороха, они обстреляли его, и он взорвался с огромным взрывом, разбив в щепки британскую канонерскую лодку «Юнион» и еще одно судно, находившееся рядом с ней. По счастливому стечению обстоятельств погибло только трое людей из экипажа «Юниона», остальных подобрали. Далее Смит на внутреннем рейде уничтожил «Heros» и «Themistocle», а затем, сделав все, что мог, собирался отступить, когда загруженный порохом фрегат «Montreal» (32), взорвался недалеко от «Своллоу», к счастью, однако, не причинив серьезного ущерба британцам. Смит и его отряд вернулись к флоту, а форты Балагье и Эгюийетт выпустили им вслед несколько снарядов.