С 1906 по 1912 года обучение в Корпусе было пятилетним, начиная с 5-й роты. В 1913 г. приемный возраст снизили на год, прием стал производиться в 6-ю роту. Таким образом все вернулось на круги своя: общие кадетские классы – 3, специальные гардемаринские – 3. В младшие роты набирали 60 человек.

5 апреля 1907 года император Николай II произвел смотр батальону Морского корпуса в Царском Селе. За «блестящее состояние и военную выправку» воспитанники удостоились высочайшей благодарности, а С. А. Воеводского царь произвел в контр-адмиралы.

Среди воспитанников Морского корпуса новый директор пользовался уважением и популярностью. По их мнению, «он сумел возродить былое почтение к старейшему военно-морскому учебному заведению и его старым стенам».

Стараниями С. А. Воеводского Учебный отряд судов Морского корпуса пополнился новыми кораблями. Теперь, кроме учебных судов «Минин», «Рында», «Верный», «Воин» и шхун «Моряк» и «Забава», в отряд передали крейсера I ранга «Аврора» и «Диана».

Новая программа учебных занятий в гардемаринских классах предусматривала довольно обширный перечень специальных морских дисциплин: Навигация (137 ч), Электротехника (75 ч), Кораблестроение (50 ч), Морская съемка (50 ч), Химия (75 ч), Физическая география (62 ч), Пароходная механика (75 ч), Морское дело (75 ч), Минное дело (75 ч), Девиация компасов (50 ч.), Военно-морская администрация (25 ч), Законоведение (75 ч), Артиллерия (150 ч), Теория корабля (50 ч), Фортификация (62 ч), История военно-морского искусства (50 ч), Мореходная астрономия (275 ч), Морская тактика (62 ч) и Морская гигиена (25 ч). Также были включены в число обязательных: французский язык (75 ч), английский язык (75 ч), русский язык (125 ч), Закон Божий (50 ч), Аналитическая геометрия (50 ч), Теоретическая механика (150 ч), Начала дифференциального и интегрального исчисления (100 ч).

Были введены обязательные практические и лабораторные занятия по химии, физике, минному делу, девиации компасов, лоции, электротехнике и астрономии, которые проводились в хорошо оснащенных кабинетах и лабораторных помещениях основного учебного Корпуса.

В 1908 году контр-адмирал С. А. Воеводский был назначен заместителем Морского министра, а в начале 1909 года он занял пост Морского министра.

7 июля 1908 года новым директором Морского корпуса стал капитан I ранга Александр Иванович Русин (выпускник Морского училища в 1878 г.), исполнявший до этого обязанности заместителя начальника Главного морского штаба.

При А. И. Русине Высочайшим волеизъявлением Морской корпус был признан «Старой Гвардией», в результате чего ему передали все старые корпусные знамена, ранее хранившиеся в Морском музее.

В 1910 г. из состава Морского корпуса была выведена Николаевская морская академия, которая стала самостоятельным образовательным и научным учреждением. Была введена отдельная должность начальника Николаевской морской академии в ранге вице-адмирала с непосредственным его подчинением непосредственно Морскому министру. В 1910 г. императором Николаем II были утверждены новые Устав и Положение о Морской академии. В первой статье Положения записано: «Николаевская морская академия принадлежит к разряду высших учебных заведений и имеет своим предназначением дать обучающимся в ней офицерам высшее военно-морское образование и высшее специальное техническое образование, соответствующее современным требованиям военно-морской службы». По этому положению, Академия включала четыре отдела: Военно-морской, Гидрографический, Механический и Кораблестроительный.

В 1912 году Морской министр утвердил новые, значительно расширенные штаты Морского корпуса.