Представление о масштабах трагедии Тихоокеанского флота на Дальнем Востоке гардемарины Морского кадетского корпуса получили, прослушав лекцию капитана I ранга Н. О. фон Эссена (выпускник Морского училища 1880 г.), героя Порт-Артура и Георгиевского кавалера, в Главной морской библиотеке Адмиралтейства.

В конце февраля 1905 года состоялся второй досрочный «Царский выпуск» старших гардемаринов Корпуса, к середине февраля сдавших досрочно все экзамены. Высочайшим приказом по Морскому ведомству из Морского кадетского корпуса досрочно были выпущены 121 человек, получившие назначения на корабли, базировавшиеся во внутренних морях Российской империи. 21 февраля состоялось представление вновь испеченных офицеров императору в Царском селе.

В декабре 1906 года в Кронштадте после позорного поражения российского флота в Русско-японской войне состоялся военно-морской суд, признавший виновными в позорной капитуляции командующего отрядом Н. И. Небогатова и его офицеров В. В. Смирнова, С. И. Григорьева и Н. Г. Лишина. Их приговорили к смертной казни, замененной Николаем II десятилетним заключением в крепости. Вместе с ними также осудили старших офицеров, спустивших на своих броненосцах Андреевский флаг и поднявших на флагштоке флаг Японии. Часть печати позора легла и на Морской корпус, подготовивший большую часть данных офицеров.

Назначенный весной 1905 года Морским министром адмирал А. А. Бирилёв после изучения многочисленных предложений и проектов по реформированию Морского кадетского корпуса был вынужден дополнительно учредить Специальную комиссию для пересмотра всех учебных программ по подготовке офицеров флота. Ознакомившись с работой Морского корпуса, комиссия отметила слабую подготовку воспитанников по таким важным предметам, как теория корабля и корабельная архитектура, корабельная артиллерия, минное дело, электротехника, беспроволочный телеграф, законоведение, морская администрация и морская гигиена.

По распоряжению Морского министра в Морском корпусе в срочном порядке дополнительно оборудовали современные учебные кабинеты и лаборатории: электротехнический кабинет, химическая лаборатория; расширены и переоснащены были физический и минный кабинеты. Впервые в Корпусе были введены обязательные практические занятия по радиотелеграфу, проекционному черчению и морской гигиене.

Комиссия рекомендовала руководству Корпуса также обратить более серьезное внимание на изучение математики – основы важнейших учебных курсов: мореходной астрономии, теории девиации компасов, теории артиллерийской стрельбы и целого ряда других практических специальных морских дисциплин.

По рекомендации Комиссии традиционный порядок проведения учебных занятий в специальных гардемаринских классах заменили так называемой «репетиционной системой». Новая система обучения являлась достаточно прогрессивной и более эффективной. Теперь практические занятия и лекции у воспитанников специальных классов дополнялись обязательными «репетициями», предусматривавшими поэтапную сдачу преподавателям определенных разделов той или иной учебной дисциплины. Своеобразные зачеты («репетиции») проводились обычно после основных занятий, 2 раза в неделю (по вторникам и пятницам).

Распоряжением адмирала А. А. Бирилёва был обновлен практически весь преподавательский состав Корпуса. В 1905 году в Корпусе стали работать молодые способные преподаватели, такие как лейтенант А. Н. Щеглов – специалист по вопросам военно-морской истории, лейтенант А. И. Шейковский – бывший штурман крейсера «Новик», возглавивший курс тактической навигации. Лейтенант В. Я. Павлинов возглавил курс теории девиации компасов. Подполковник А. П. Шершов стал во главе учебного курса корабельной архитектуры и теории корабля. Лейтенант С. И. Бубнов значительно улучшил преподавание вопросов морской тактики и стратегии на основе детального изучения боевых и технических средств потенциальных противников. Наряду с молодежью в корпусе продолжали работать и известные ученые, авторитеты с мировым именем: Ю. М. Шокальский, И. Б. Шпиндлер – авторы капитальных научных трудов и учебников по океанографии и метеорологии, полковники А. М. Бригер, В. М. Сухомель и многие другие.