За один лишь год директор немало сделал по принятию действенных мер укрепления дисциплины и улучшению учебных программ. К сожалению, тяжелая болезнь и смерть не позволили ему завершить начатые преобразования. В марте 1902 года батальон гардемаринов Морского кадетского корпуса провожал своего директора на кладбище Александро-Невской лавры.

Временно, до назначения нового директора, Корпусом руководил начальник строевой и хозяйственной части генерал В. А. Давыдов, любимец воспитанников, «добрейший Василий», как его в своей среде окрестили кадеты и гардемарины.

Новым директором Корпуса в 1902 году был назначен контр-адмирал Григорий Павлович Чухнин, окончивший Морское училище в 1865 году. Адмирал имел репутацию образованного, но весьма «грозного» морского офицера. По воспоминаниям выпускника Морского корпуса Г. К. Графа: «И, действительно, все сразу же почувствовали, что слово адмирала Чухнина не расходится с делом. Жесткая и требовательная рука директора не знала пощады по отношению к нарушителям воинской дисциплины. На корпусных построениях теперь регулярно зачитывались грозные приказы, заканчивавшиеся строгим выговором или отчислением из учебного заведения. Складывалось впечатление, что он сутками не покидал здание Морского корпуса. С утра до глубокой ночи его могли видеть во всех помещениях и углах Корпуса… Уже на второй учебный год стало заметно сказываться его влияние на Корпус. В лазарете стало больше порядка… Несколько улучшилась и пища воспитанников. Но по учебной части никаких коренных реформ не было».

Ежегодно в летние месяцы выпускники практиковались на кораблях Учебного отряда морских судов. Качество практики несколько снижалось ввиду устаревания корабельного состава отряда. Тем не менее качество специальной подготовки оставалось достаточно высоким благодаря углублённому изучению специальных дисциплин. В 1903 году срок обучения в специальных классах был увеличен ещё на один год.

В ночь на 27 января 1904 года Япония без объявления войны произвела атаку на стоявшие на внешнем рейде Порт-Артура броненосцы «Цесаревич», «Ретвизан» и крейсер «Паллада». В тот же день в корейском порту Чемульпо погибли в неравном бою с японской эскадрой крейсер «Варяг» и канонерская лодка «Кореец».

28 января 1904 года все 6 рот Морского корпуса построили в Столовом зале Корпуса. Николай II и императрица появились в сопровождении генерал-адмирала великого князя Алексея Александровича, управляющего Морским министерством адмирала Ф. К. Авелана и свиты. Император, призвав ласково воспитанников выйти из строя и подойти к нему, произнес: «Дерзкий враг напал на нас…»; далее он сказал, что Япония будет наказана и что храбрые русские воины сокрушат неприятеля.

В этот же день всех старших гардемаринов император торжественно и досрочно произвел в офицеры. Из этого выпуска, который был назван «Первым Царским», десять первых по выпуску (лучших) гардемаринов получили от Николая II согласие на прикомандирование к Тихоокеанской эскадре (Квантунский флотский экипаж) в Порт-Артуре. По прибытии в эскадру вновь испеченные офицеры героически сражались, при этом трое из них погибли в морских боях с японским флотом. Два гардемарина были направлены в Сибирский флотский экипаж (Владивосток), 75 – в Балтийские флотские экипажи, готовящиеся к переходу в Тихий океан в составе 2-й эскадры адмирала З. П. Рожественского (23 мичмана из этого выпуска трагически погибли в Цусимском сражении), 40 – в Черноморские экипажи и 1 – на Каспийскую флотилию.

Весной 1904 года директором Морского кадетского корпуса назначили контр-адмирала Николая Александровича Римского-Корсакова (выпускника 1870 г.), как пишут историки, добродушного и интеллигентного человека, сердечно относившегося к воспитанникам, что ни в коей мере не способствовало снижению дисциплины, налаженной в Корпусе его грозным предшественником. На посту директора Николай Александрович оставался до 1906 года, когда 7 августа высочайшим указом его назначили товарищем (заместителем) Морского министра. По воспоминаниям воспитанников Корпуса, адмирал отличался редкой добротой, тактом и заботливостью о кадетах и гардемаринах, за что они дали ему прозвище «Апостол».