В Рассказе паломника повествуется о духовных трудностях, с которыми Иниго столкнулся в это время (РП 54 и далее). Во время учебы Иниго переживал сильные внутренние «озарения», после которых он уже не мог больше работать. Он «различил духов» и пришел к выводу, что его сознательное намерение учиться важнее, чем эти переживания, которые его только отвлекают. Он понял, что это искушения. Он открыто сказал об этом священнику и впредь старался избегать этих переживаний. Он обрел покой, необходимый для учебы, и без этих переживаний пребывал в мире с собой и с Богом. Он понял, что духовные переживания имеют не абсолютную, лишь относительную ценность, и что они могут быть способом бегства от мирских, но тем не менее очень важных дел.

В 1526 году Иниго перебрался в Алкалу и начал там изучать философию. Он питался подаянием и жил в госпитале для бедных. Он посвящал себя апостольской деятельности больше, нежели учебе. Он преподавал духовные упражнения и объяснял христианское учение. В церквях и на площадях он собирал вокруг себя детей и взрослых и преподавал им основы религиозных знаний. Позже вокруг него стала регулярно собираться большая группа взрослых, в том числе и не мало женщин. Иниго преподавал им своего рода духовные упражнения в повседневной жизни. Его деятельность пользовалась популярностью и некоторые из его «учеников» приносили большой «плод ради славы Божьей» (РП 57).

Его апостольская деятельность и его образ жизни привлекли к себе внимание. Его стали подозревать в приверженности сомнительному учению Эразма Роттердамского. Однако опаснее для него было то, что некоторые стали считать его алумбрадо («просветленным»), приверженцем секты, члены которой считали себя особым образом просветленными Святым Духом, и отделяли себя от остальной Церкви. Как и его товарищи, Иниго носил длинное одеяние из мешковины. Толедская инквизиция услышала о подозрительном виде Иниго и его пастырской деятельности и начала расследовать его дело. После некоторого времени инквизиция признала его невиновным. Однако отныне он и его товарищи были обязаны носить различную одежду и не одеваться одинаково, подобно монахам. Воздействие его духовных упражнений и подозрительные собрания, тем не менее, снова вызвали вопросы у инквизиторов. Некоторые из тех, кто совершил у Иниго духовные упражнения, внезапно меняли образ жизни. Они отказывались от имущества и отправлялись в паломничества. По приказу инквизиции Иниго провел 42 дня в тюрьме. После нескольких допросов судьи решили, что его учение хотя и не содержит никаких заблуждений, тем не менее он должен четыре года изучать богословие, прежде чем он может публично говорить о религиозных предметах. Иниго пытался обжаловать это решение у епископа Толедского, который принял его лично. Епископ обошелся с ним ласково и посоветовал отправиться в Саламанку для изучения богословия.

В июле 1527 году Иниго вместе с 4 товарищами прибыл в Саламанку. Там он познакомился с монахами доминиканцами, которые из любопытства пригласили его к себе. Они начали его расспрашивать, какое учение он проповедует, ибо они не могли представить себе, чтобы кто-то мог учить без длительной учебы. Иниго почуял новые трудности и отказался дать ответ. В монастыре его взяли под стражу. В монастырской тюрьме он провел 22 дня, закованный в цепи. Доминиканцы подробно допросили его относительно Духовных упражнений и его богословских мнений. Их особое возмущение вызвало то, что он, сам не имея никакого образования, посмел наставлять других, что́ есть грех смертный, а что́ – простительный. Однако на допросе у него не было найдено никакой ереси. В Саламанке также постановили, что он должен учиться в течение четырех лет прежде, чем может наставлять других. В этом, как и в последующих процессах, которые инквизиция возбуждала против него, Иниго всегда настаивал на том, чтобы расследование было доведено до конца, и ему официально был вынесен оправдательный приговор. Инквизиция в общей сложности 8 раз возбуждала против него судебные расследования, и ни разу его учение и апостольская деятельность не были осуждены.