Запрет остаться в Святой земле был для Иниго равнозначен ранению под Памплоной. Он стал вторым ядром, расстроившим его жизненные планы. Его твердая уверенность в том, что он точно знает, что́ есть воля Божья в отношении него, оказалась ложной. При этом Иниго без возражений принял решение церковного авторитета как нечто, бывшее выше субъективной уверенности паломника. Иниго вновь должен был усваивать уроки божественного водительства. Его далеко идущие планы, которые казались ему столь благими, оказались самообманом. В его последующем духовном учении этот опыт получит название «искушение под видом блага». Он болезненно ощутил на себе действие церковной власти, однако он научился правильно оценивать ее значение.

Возращение в Венецию не обошлось без приключений. На море уже начался период бурь, и два из трех кораблей пошли ко дну. Иниго повезло. Самый маленький и ветхий корабль, на котором он находился, выдержал опасное плавание. Он был плохо одет и страдал от необычно сильных холодов. В январе 1524 года путешественники прибыли в Венецию. В Рассказе паломника он пишет о своих дальнейших планах: «После того как означенный паломник понял, что воля Божия была в том, чтобы он не остался в Иерусалиме, он всегда ходил, размышляя о том, quid agendum[1], и в конце концов склонился к тому, что некоторое время ему нужно поучиться, дабы он мог оказывать помощь душам, и решил идти в Барселону» (РП 50).

В течение всей жизни этими словами Игнатий выражал свою апостольскую цель. В Европе среди верующих царила духовная сухость, и не было никого, кто мог бы утолить жажду большого числа ищущих. Бог даровал Иниго утешение и мир. Теперь он хотел помочь людям обрести аналогичный духовный опыт. Для этого он хотел давать им религиозные наставления и духовные советы, которые могли бы облегчить их искания. Его план, говоря современным языком, имел педагогический и терапевтический аспект. В Иниго они сочетались с горячим желанием жить в радикальной бедности и строгом покаянии. Где и как он хотел осуществить свое призвание, в тот момент ему было еще не ясно.

В период позднего средневековья священство рассматривалось прежде всего с культово-сакраментальной точки зрения. Властью, данной ему Богом, священник совершал таинства для благословения Церкви. Большинство священников были недостаточно образованными для того, чтобы проповедовать и учить верующих. Ко времени Игнатия в реформистских кругах возникло новое понимание священства, которое было в большей степени ориентировано на образование и пастырскую работу. В соответствии с обычаями своего времени Иниго для того, чтобы заниматься пастырской деятельностью, необходимо было стать священником. А для того, чтобы стать священником и заниматься пастырской работой, он должен был изучать богословие. Другие реформистские направления в Католической Церкви пошли по аналогичному пути. Протестантская Реформация также заменила традиционного священника «пастором», то есть человеком, который занимается прежде всего пастырской деятельностью, и улучшило его богословское образование.

Поэтому Иниго после своего возращения из Иерусалима несмотря на 33-летний возраст вновь уселся на школьную скамью. Вместе с детьми он должен был зубрить латынь, так как в университете преподавание велось исключительно на латинском языке. Он решил отправиться в Барселону, так как там он мог рассчитывать на помощь Исабель Росер и других благодетелей.

В течение двух лет в Барселоне Иниго брал уроки латинского языка, чаще всего у одного частного учителя, который учил его бесплатно. Тогда уже использовались новые гуманистические методы обучения. Его прежние боли в желудке исчезли. Поэтому он снова мог более строго поститься, хотя и не столь радикально, как сразу после своего обращения. Однако даже этот щадящий пост сегодня нам трудно понять. Он старался оказывать посильную «помощь душам», ведя с ними духовные беседы и служа больным и нищим. У него были контакты с двумя женскими монастырями, где он поддерживал реформистские движения. Он преподавал некоторым лицам свои первые духовные упражнения. На какое-то время к нему присоединились несколько молодых людей, но вскоре их след потерялся.