Назначение Томсона главой голландской миссии в Албании не было утверждено, поскольку кабинет министров ушёл в отставку. Новый военный министр Босбум решил назначить на этот пост полковника Виллема Де Веера, командира 3-го полка полевой артиллерии, предложив Томсону стать его заместителем. Ординарцами офицеров миссии были назначены сержанты Ван Рейен и Сток. Выбор Босбума впоследствии сказался на результатах миссии, поскольку Де Виру не обладал организаторским талантом и опытом Томсона. Их назначение было закреплено королевским указом от 20 октября 1913 года. Три недели спустя, 10 ноября члены голландской миссии высадились в Валоне.

К этому времени в окрестностях Валоны скопилось около 1000 арнаутов, изгнанных сербами и греками, «по большей части совершенно бесприютных, лишенных всяких средств к жизни». Правительство Исмаила Кемаль-бея разместило их в домах албанцев, а наиболее нуждающимся из них выдало одежду из турецких запасов. Недостаток средств привёл местные власти к решению ликвидировать этого лагеря. Комиссары справедливо полагали, что эти арнауты могут быть пригодны для организации сил безопасности и старалась удержать их в Валоне. По этой причине им стали выдавать продовольствие и фураж натурою из турецких запасов и оказали небольшую денежную помощь (£200.о.о), что позволило сохранить лагерь. Впоследствии часть из них была зачислена в состав жандармерии. Её правильная организация представлялась членам МКК частью реформ, имеющих действительно практическую цену.

В течение десяти дней после своего прибытия в Валону голландские офицеры контактировали с членами Временного правительства. Они заявили МКК, что не могут руководствоваться резонами Кемаль-бея и постараются составить отряд исключительно из надежных элементов. После этого ван Веер т Томсон отправились в трёхнедельную поездку по стране, чтобы изучить ситуацию на местах. Их сопровождали Мелек-бек Фрашери, ставший впоследствии адъютантом Томсона, и сын премьер-министра я Этхем-бей. Они посетили Фьер, Берат, Эльбасан и Тирану, где 25 ноября встретились с Эссад-пашой, который к этому времени контролировал прибрежный регион между реками Мат и Шкумбия вплоть до Эльбасана. Он только на словах признавал авторитет Международной контрольной комиссии, препятствуя размещению постов жандармерии в центральной Албании, и стремился захватить как можно большую часть страны. В ответ на её требования, он заявил, что уже имеет таковую. Голландских офицеров Эссад-паша принял радушно, хотя и выказал недовольство присутствием Этем-бея, сына своего политического соперника. Из Дураццо де Веер и Томсон отправились в Скутари для инспекции местных сил общественного порядка113. По пути они встретились с князем Мирдиты и в конце ноября морем вернулись в Валону.

По прибытии в Валону голландские офицеры разделили между собой обязанности: майор Томсон занялся подготовкой документов для организации албанской жандармерии и военной подготовкой, а полковник де Веер осуществлял контакты с МКК и руководил военными операциями. Её члены считали реорганизацию жандармерии первостепенной задачей, поскольку не верили в дееспособность местных властей. Этой же позиции придерживался Кемаль-бей, который рассчитывал использовать жандармов против Эссада-паши. В первых числах декабря Томсон представил план создания албанской жандармерии. На первом этапе предусматривал набрать 1000 человек, а затем увеличить их число до 5000 человек. Для командования первоначальным контингентом требовалось иметь 30 офицеров, а его содержание обходилось в 115000 франков месяц. Для обучения жандармерии рекомендовалось пригласить для их обучения 15 голландских офицеров.