Само же название «Munichen» происходит, видимо, от древневерхненемецкой формы слова «монах» («munich»). По легенде, не подтверждёнными никакими археологическими находками, здесь на холме Петерсберг (Petersbergl) с VIII века жили монахи одного их расположенного неподалёку монастыря.

Благодаря Генриху Льву в 1175 году вокруг Мюнхена были сооружены крепостные стены и тогда же ему был присвоен статус города. После того, как в 1180 году Фридрих Барбаросса лишил Генриха Льва большинства его владений, хозяином Мюнхена стал епископ Фрайзинга, однако право чеканки монеты в Мюнхене перешло к ставшему герцогом Баварии Отто фон Виттельсбаху, что привело в дальнейшем к конфликтам с епископством. В 1214 году впервые документально упоминается городское право (Das Stadtrecht) Мюнхена, а в 1239 году – городской парламент.

В 1240 году Мюнхен перешёл из рук епископа Фрайзинга к Оттону II Виттельсбаху, а в 1255 году после раздела герцогства между братьями Генрихом XIII и Людвигом II Строгим Мюнхен стал столицей герцогства Верхняя Бавария, отошедшего Людвигу II. В 1280 году благодаря королю Рудольфу фон Габсбургу Мюнхен получил значительную свободу торговли. С 1286 года в документах упоминается Совет города, являвшийся исполнительным органом городского парламента.

Ставший в 1314 году королём, а в 1328 году императором Людвиг IV Баварский сделал город своей резиденцией. Мюнхен стал таким образом столицей империи, в которой работало также имперское правительство. Людвиг IV всячески способствовал развитию Мюнхена, в частности, в 1332 году он предоставил ему монопольное положение в южно-немецкой торговле солью, способствуя таким образом росту городских доходов.

В этот период в Мюнхене сложилась патрицианская форма управления, при которой в городском Совете были представлены, прежде всего, могущественные мюнхенские семейства из высших слоёв городского бюргерства, представителей купеческой знати и чиновников городского управления.

В 1340 император даровал Мюнхену «Великое городское право» («Große Stadtrecht») и различные широкие привилегии.

После вымирания нижнебаварской линии Виттельсбахов Людвиг IV в декабре 1340 года объединил герцогства Нижняя и Верхняя Бавария, вследствие чего Мюнхен стал столицей объединённого герцогства.

После смерти в 1347 году Людвига IV его владения были разделены между 6 его сыновьями, и Мюнхен в 1349 году достался его сыну Людвигу V. После его смерти в 1361 году Мюнхен перешёл его сыну Мейнхарду III, а после его смерти через два года – его дяде Стефану II. Со смертью последнего в 1375 году власть над городом поочерёдно осуществлялась его сыновьями Стефаном III, Иоганном, Фридрихом и Оттоном.

История Мюнхена в Позднее Средневековье была наполнена восстаниями горожан против патрициев и Виттельсбахов (в 1295, 1385, 1397—1402, 1498 гг.), еврейскими погромами (в 1285 и 1442 гг.), разрушительными общегородскими пожарами (в 1221, 1327, 1429 и 1460 гг.) и эпидемиями чумы (в 1349 и 1517 гг.).

Население города в этот период росло незначительными темпами. Если в 1369 году в Мюнхене жило 10 тысяч человек, то в 1504 он насчитывал примерно 13 500 жителей.

После «Войны за Ландсхутское наследство " 1503—1505 между Баварско-Мюнхенским и Баварско-Ландсхутским герцогствами Бавария оказалась объединена под властью герцога Баварии-Мюнхена Альбрехта IV Мудрого, а Мюнхен стал столицей объединённого Герцогства Бавария.

В XVI веке Мюнхен превратился в один из центров борьбы с протестантской Реформацией. С 1522 по 1531 год герцог Вильгельм IV принял ряд указов против лютеранского учения, в результате чего мюнхенские протестанты подверглись преследованиям и многие были вынуждены покинуть город. Еще решительнее герцог боролся против кальвинистов, основавших в 1527 году общину в Мюнхене. В том же году в городе дошло до первых смертных казней протестантов. Преемник Вильгельма IV Альбрехт V Великодушный в 1555 году запретил протестантство совсем. При нём Мюнхен стал центром Контрреформации. Приглашённый ещё в 1541 году его отцом Вильгельмом IV в Баварию верный Ватикану Орден иезуитов, в 1559 году обосновался в Мюнхене и впоследствии иезуиты стали играть весьма важную роль в жизни Мюнхена.