В 1609 году в Мюнхене была основана Католическая лига. Во время «Тридцатилетней войны» 1618—1648 гг. за участие в ней на стороне императора лидер «Католической лиги» баварский герцог Максимилиан I в 1623 году получил от него титул курфюрста, и Мюнхен таким образом поднялся до статуса столицы курфюршества.

Во время войны в 1632 году Мюнхен был захвачен войсками шведского короля Густава II Адольфа. После сокрушительного поражения шведских войск в «Битве у Нёрдлингена» 6 сентября 1634 года шведы вынуждены были оставить Мюнхен. Когда вслед за тем в Мюнхен вошли испанские войска, город охватила эпидемия бубонной чумы, от которой в 1634—1635 гг. его население сократилось с 22 до 9 тысяч жителей.

6 октября 1648 года между пригородом Мюнхена Аллахом и г. Дахау состоялось последнее сражение той войны. Тогда баварско-австрийские войска под командованием Иоганна фон Верта разгромили шведско-французскую армию Карла-Густава Врангеля.

Во время «Войны за испанское наследство» 1701—1714 гг. курфюрст Баварии Максимилиан II Эммануэль выступал на стороне Франции. 13 августа 1704 года франко-баварская армия была разгромлена в «Гохштедтском сражении» войсками австрийского принца Евгения Савойского и английского герцога Джона Черчилля Мальборо, в результате чего до 1714 года Мюнхен был занят Австрией. Жёсткий оккупационный режим привёл к восстанию баварцев. Во время марша на Мюнхен в ночь на Рождество 25 декабря 1705 года войско восставших было разгромлено австрийскими войсками в пригороде Мюнхена Зендлинге, при этом было убито около 1100 восставших.

Во время «Войны за австрийское наследство» в 1742 году Мюнхен был занят австрийскими войсками, которые ушли лишь после создания 5 июня 1744 года широкой антиавстрийской коалиции европейских государств («Франкфуртская уния»).

В 1800 году Мюнхен был занят французскими войсками после поражения Баварии, выступавшей на стороне Австрии в войне с Францией. После того, как Бавария заключила союз с Францией, 24 октября 1805 года Мюнхен посетил французский император Наполеон I Бонапарт. Благодаря ему 1 января 1806 года Бавария из курфюршества превратилась в королевство, Мюнхен же стал его столицей.

В 1818 году Королевство Бавария получило конституцию, а Мюнхен стал местонахождением Баварского парламента. В том же году Мюнхен получил самоуправление с 2 бургомистрами и 2 коллегиями городского совета.

В XIX веке баварские короли из династии Виттельсбахов Максимилиан I (1806—1825), Людвиг I (1825—1848), Максимилиан II (1848—1864) и Людвиг II (1864—1886) много сделали для превращения в Мюнхен центр культуры, искусства и образования. В то же время промышленное развитие в Мюнхене было не столь активным, как в городах центральной и западной Германии. Тем не менее, в 1839 году город получил первое железнодорожное сообщение, связавшее его с Аугсбургом, в 1847 году был основан машиностроительный завод, в 1876 году в городе пустили первый трамвай, а в 1882 году появилось электрическое освещение. Развитие города во второй половине XIX века способствовало росту его населения. Так, если в 1846 году в нём проживало 100 тысяч человек, то в 1901 году оно выросло до полумиллиона.

Новая ратуша Мюнхена на площади Мариенплац, 190911

Во время Первой мировой войны в 1916 году в ходе французских воздушных налётов на город упали три бомбы. В ходе Ноябрьской революции 1918 года к власти в Баварии пришли социал-демократы, а король Людвиг III с семьёй бежал из города. В апреле 1919 года в Мюнхене коммунисты провозгласили «Баварскую Советскую республику». В ходе разгоревшейся гражданской войны Баварская Красная армия была разгромлена правительственными войсками и соединениями Добровольческого корпуса, а Баварская Советская республика в начале мая 1919 года была ликвидирована.