Те чекисты, которые были за сохранение СССР и симпатизировали ГКЧП, в эти дни строго следовали приказам и указаниям начальства, которое бездействовало, и были безынициативны и предсказуемы в своих действиях. Зато «оборотни» в их рядах решительно вступали в несанкционированные контакты с демократической оппозицией и представителями западных спецслужб и предавали интересы своего ведомства.

С августа по ноябрь 1991 года для КГБ наступили «черные дни». Уже 23 августа Президент СССР Горбачёв и президенты союзных республик предложили Вадиму Бакатину возглавить КГБ для его реформирования. Бакатин считал более подходящей кандидатуру председателя Комитета по безопасности ВС СССР Юрия Рыжова. Но Горбачёв подписал указ о его назначении. Один из первых приказов Бакатина требовал – «Все приказы КГБ СССР публиковать в печати».

Тогда же, 24 августа, президент России Ельцин издал Указ о передаче архивов КГБ на государственное хранение!

И Бакатин начал вывод из состава КГБ отдельных структур, переподчинение их другим ведомствам или придание самостоятельного статуса. Бакатин ожидал от чекистов ропота или даже сопротивления, но оказалось, что многие структуры с нескрываемым удовольствием уходили из-под эгиды КГБ, так как это приводило к повышению их статуса и открывало для руководителей блестящие перспективы роста и получения генеральских званий.

26 ноября 1991 года президент Ельцин подписал Указ о преобразовании КГБ РСФСР в Агентство федеральной безопасности РСФСР. АФБ с ноября 1991-го по декабрь 1991 года возглавлял генерал Иваненко.

Осенью 1991 года депутаты Верховного Совета при участии Сергея Степашина обсуждали с Иваненко, бывшим заместителем Оргинспекторского управления КГБ, идею создания КГБ РСФСР. Эту идею активно поддерживал председатель КГБ Крючков, для которого, по словам Иваненко, «это был шанс подстроиться» к демократическим процессам, идущим под руководством Ельцина. 5 мая 1991 года Крючков и Ельцин подписали протокол об образовании КГБ РСФСР, назначив Иваненко исполняющим обязанности председателя. Но в январе 1992 года Иваненко был уволен с должности председателя в связи с тем, что обратился в Коституционный суд с возражениями против слияния КГБ и МВД. Суд во главе с Зорькиным отменил указ президента, но вместо Иваненко был назначен генерал Баранников, которому Ельцин в то время доверял.

3 декабря 1991 года Горбачев подписал закон «О реорганизации органов государственной безопасности». КГБ СССР был упразднен, и на его базе созданы Межреспубликанская служба безопасности и Центральная служба разведки.

24 января 1992 года Ельцин подписал Указ об образовании Министерства безопасности на базе упраздняемых АФБ и МСБ. Министром МБ РФ с января 1992-го по июль 1993 года стал генерал Баранников, а с июля по декабрь 1993 года – генерал Галушко. Затем МБ было вновь преобразовано в ФСК, которым руководил Степашин.

Наконец в 1995 году чехарда преобразований российской контрразведки завершилась созданием вместо ФСК Федеральной службы безопасности, директорами которой поочередно были Галушко, Степашин, Барсуков, Ковалев, Путин и Патрушев, которые сохранили и укрепили ФСБ.

Из подчинения КГБ были возвращены в Минобороны несколько десятков тысяч войск спецназа. Девятое управление КГБ, отвечавшее за охрану первых лиц государства, стало Управлением охраны, подчинявшимся лично президенту. Управления, отвечавшие за правительственную связь, шифры и радиоэлектронную разведку, стали Комитетом правительственной связи. Погранвойска также стали самостоятельной структурой – Комитетом по охране государственной границы.