Процесс по делу ГКЧП продолжался с 14 апреля 1993 года до 1 марта 1994 года. Многие из двенадцати подсудимых: Крючков, Язов, Шейнин, Бакланов, Павлов, Варенников, Плеханов, Пуго, Янаев, Лукьянов, Стародубцев, Тизяков, пытались затянуть процесс – кто-то заявлял о болезни, кто-то объявлял отвод судей или заявлял дополнительные ходатайства.
Именитых подсудимых защищали известные адвокаты – Резник, Падва и Штейнберг. Общественное мнение в значительной мере на стороне подсудимых. Но команда Ельцина неумолимо требовала скорого и сурового суда. Несмотря на это, судебный процесс так и не был завершен.
Согласно приказу № 140 председатель внутренней комиссии по расследованию деятельности КГБ во время попытки государственного переворота генерал Титов был смещен, и новым председателем назначен Олейников. В течение всего сентября продолжалось расследование «путча» силами Инспекторского управления КГБ, в ходе которого у личного состава 12-го отдела отбирались объяснительные записки.
К сожалению, среди тех, кого допрашивали следователи, в том числе и в военной контрразведке, находились сотрудники, которые не только добросовестно отвечали на поставленные вопросы, но и сообщали много лишнего, не брезгуя докладывать абсолютно лживую информацию. Как говорится, ничего личного, зато много лишнего…
Накануне суда генеральный прокурор Степанков и главный следователь по делу ГКЧП Лисов выпустили книгу «Кремлевский заговор», в которой было сформулировано обвинительное заключение против подсудимых. За разглашение тайны следствия Степанков был уволен, а девять гособвинителей суд просил заменить на беспристрастных, но после двух месяцев ожидания процесс был начат с прежним составом обвинения.
Судьи не успели допросить всех обвиняемых, когда 23 февраля 1994 года Госдума объявила амнистию, потребовав «прекратить все уголовные дела, которые находятся в производстве по событиям 19–21 августа 1991-го, связанные с образованием ГКЧП».
Все подсудимые, кроме генерала Варенникова, заявили о своей невиновности, но амнистию приняли. Продолжал судиться только Варенников, который впоследствии был оправдан. Выйдя из тюрьмы, Варенников стал депутатом Госдумы. После освобождения из-под стражи в январе 1993 года бывший председатель КГБ СССР Владимир Крючков в январе 1993 года работал в «Экспериментальном творческом центре» под руководством Кургиняна. Еще через несколько лет бывшего гэкачеписта Язова президент России Путин к 80-летию наградил орденом Почета.
Начальник военной контрразведки вице-адмирал Жардецкий, прослуживший в этой должности с ноября 1990-го, был уволен в августе 1991 года по возрасту. Бакатин, поставленный во главе КГБ с задачей его уничтожения, начал процесс с увольнения своих идейных противников. Потребовав от Жардецкого отчета о действиях военной контрразведки во время ГКЧП, он в ответ нарвался на грубость, что послужило фомальным поводом для немедленной отставки и установления за ним наружного наблюдения. Адмирала вначале вообще лишили пенсии, но через пару лет вернули её, сократив почти вдвое. Ничего личного, просто мелкая месть со стороны новой власти.
На его место в январе 1992 года был назначен генерал-майор Моляков (в 1984–1988 годах – начальник Первого отдела военной контрразведки, а с 1988-го до ликвидации КГБ в августе 1991 года – начальник Особого отдела КГБ МВО), который в 1998–1999 годах стал заместителем секретаря Совбеза.
Участие КГБ в ГКЧП вряд ли можно назвать участием, внутри него уже существовали непримиримые противоречия. Там были те, кто готов был пожертвовать собой за сохранение существующего строя; их было большинство, но были и предатели.