Связанный с этим третий блок вопросов – это эпистемологические проблемы: как возникает знание, что такое понятие и истина, как отличить философское знание от псевдознания. Автор вводит оригинальные определения: понятие рассматривается двояко – и как информационная конструкция сознания, и как физический аналог объекта в мозге. Истиной же он называет такое понятие, которое соответствует обеим сторонам познаваемого явления – и объективной, и субъективной. Неполное соответствие ведёт к разным типам неполноценного знания (спекуляциям, мнениям, убеждениям и т.п.). Вопрос о критериях истинности философских рассуждений таким образом выходит на первый план: автор пытается показать, по каким правилам следует строить философское доказательство и опровержение, чтобы достичь подлинно философской (т.е. диалектически полной) истины.

Наконец, книга затрагивает методологический вопрос о том, как должна развиваться сама философия. Автор критикует состояние современной философской мысли, указывая на её кризис, и спрашивает: каким образом философии выйти из тупика? В ответ он предлагает обновление исходных понятий и принципов на основе Основного метода. Это поднимает вопросы и об истории философии (как эволюционировало философское мышление вместе с мозгом человека) и о границах философии в современном мире. А.Жалнин рассматривает исторический процесс выделения наук, искусств и других дисциплин из единого поля философии и ставит вопрос: что осталось за философией, какова её особая ниша сейчас? В книге обсуждается, почему философия не должна претендовать на компетенцию специальных наук или превращаться в художественное творчество, а должна сосредоточиться на собственном методе и тех задачах, где без него не обойтись. Таким образом, автор разбирает классический философский вопрос «что может философия?», переопределяя её роль как интегративного способа мышления, способного приносить новую мудрость за счёт преодоления односторонности сугубо объективного или сугубо субъективного подходов.

Александр Жалнин выстраивает свою аргументацию достаточно последовательно: он начинает с общедоступного наблюдения о кризисе идентичности философии и логично переходит к предложению решения через переопределение ее метода. В рассуждениях автора заметна стремление к строгости – вводятся четкие определения (философия как регулятор субъективного и объективного, реальность как квазипонятие, истина как соответствие двум сторонам и т.д.), прослеживается внутренняя логика между тезисами. Например, из посылки о двойственной природе сознания вытекает необходимость особого метода познания; из определения философии через этот метод – вывод о том, что предмет философии не ограничен какой-то областью бытия. Такие выводы выглядят убедительно в рамках заданных определений. Кроме того, автор подкрепляет свои тезисы ссылками на естественно-научные аналогии(фазовая работа мозга, физическое формирование аналога объекта в нейронных структурах). Это придает рассуждениям видимость эмпирической обоснованности: философский метод описывается не как абстрактная схема, а как реальный процесс, происходящий в мозге. Такой натуралистический поворот в аргументации (апелляция к нейрофизиологии) – смелый шаг, который логически увязывает философию с данными о работе сознания.

Однако логика автора местами вызывает вопросы. Он декларирует, что современные философские теории, игнорирующие принцип диалектики субъективного и объективного, «не являются философскими исследованиями». Этот тезис сам по себе спорен (об этом ниже), но важнее то, что он по сути закрывает авторскую систему от внешней критики: если кто-то не согласен с предлагаемым методом, то, по его логике, это возражение уже «не философское». Таким образом, в рассуждении присутствует элемент круговой аргументации: философия определяется через Основной метод, и всё, что этому методу не соответствует, заведомо исключается из числа «настоящей философии». Это логическое сужение может быть посчитано чересчур догматичным. Кроме того, некоторые переходы в тексте остаются интуитивными, хотя автор и подчеркивает роль интуиции. Например, идея «живых понятий» – хотя и увлекательна – вводится скорее описательно, через частные случаи и опыт автора, чем строго выводится из предыдущих положений, что по строго научным меркам не слишком убедительно. Тем не менее, в целом логическая структура книги выдержана: каждое новое понятие вводится на базе уже установленного, а вся система понятий взаимосвязана через единый принцип. Можно сказать, что А.Жалнин выстроил своего рода аксиоматику философии: приняв базовую посылку о двух сторонах и их диалектическом единстве, дальше читатель следует достаточно чёткой логике вплоть до практических следствий.