Кроме нападок извне, Церковь претерпевала изменения изнутри, чем дальше Церковь отходила от апостольского времени, тем больше человеческих заблуждений, постановлений и традиций проникало в Церковь.

Некоторые историки отмечают зарождение новой модели Церкви – церкви блудницы, которая вместо своего истинного предназначения, выражающегося в отношениях невесты – Церкви и жениха – Христа, начала заигрывать с мирской властью, что вызвало постепенное омирщвление церкви и проникновение различных языческих по своей сущности традиций и постановлений.

Начиная с 4 века и времени правления императора Константина и вплоть до 16го столетия Церковь всё больше превращалась на Востоке – в инструмент идеологии государства, а на Западе – в верховную власть над государством и обществом. И в том, и в другом случае, всё дальше отходя от своего истинного евангельского предназначения и миссии возложенной на неё Христом.

Но, слава Богу, не смотря на всеобщее отступление от истины, всегда на протяжении всех исторических периодов, появлялись истинные евангельские христиане, не желающие мириться с существующей системой мирских ценностей проникших в Церковь. Поэтому, не смотря на общее отдаление Церкви от своего истинного предназначения, – голос евангельской истины не переставал звучать, через Божьих посланников. Как сказал сам Христос: «Я создам Церковь мою, и врата ада не одолеют её»!

Ближе к 16 столетию в Европе, где с одной стороны Церковь, получившая неограниченную власть, ужасно погрязла во всех смертных грехах, чем вызвала недовольство, как со стороны евангельски мыслящего священства, так и со стороны общества, с другой стороны из-за отсутствия давления и контроля со стороны государственной власти, как это было на Востоке, была возможность зарождения реформации в Церкви.

Достигшее своего пика движение против западной католической церкви возглавил Мартин Лютер, профессор богословия из Германии. Получив потрясения от безнравственности, которая царила в резиденции папы (1510 год), Лютер размышлял о необходимости реформ, о возврате к истине, запечатленной Богом в Библии. Проповеди Лютера такого же характера, как Уиклифа и Гуса, просто покорили всю Германию. В 1517 году Лютер выступил уже официально, прибив 95 тезисов к дверям Виттенбергской церкви, в которых сформулировал свой протест, откуда и пошло название – протестантские церкви. Главные тезисы Лютера: 1) Оправдание перед Богом человек заслуживает верою, поскольку все люди грешны; 2) Для спасения грешников пришел Христос; 3) В церкви нужно оставить только три таинства: крещение, причастие, покаяние. Его соратник Меланхтон систематизировал протестантские взгляды.

«Лютер, изучая Послание к Римлянам, неожиданно остановился на словах, давших ответ на все вопросы: «Праведник верою жив будет». Он вдруг понял, что оправдание Божье приходит к нам не благодаря нашим собственным усилиям, а по вере в то, что Иисус Христос уже совершил для нас на кресте. Осмысление этого места Писания перевернуло жизнь Мартина Лютера. Он осознал, что спасение – это, прежде всего, личные отношения с Богом. Шаг за шагом, исследуя Библию, он открыл, что Церковь совершенно исказила Евангелие. Вместо Божьей любви проповедовались человеческие заслуги, вместо веры – суеверия и религиозные обряды, вместо Слова Божьего – легенды и традиции. Больше всего его возмущало учение об индульгенциях. Прощение грехов гарантировалось живому или мертвому. Согласиться с этим он никак не мог, поэтому на воротах замкового костела в Виттенберге, появились знаменитые 95 тезисов против индульгенций. Несколько папских теологов приняло вызов Мартина Лютера к дискуссии, но не смогли представить аргументы против его высказываний, обвинив его в том, что он следует учению Яна Гуса. Он говорил, что, когда Библия вступает в конфликт с церковными традициями, нужно подчиняться Библии. Папа Римский прислал Лютеру грозное повеление отречься от своих взглядов. Реформатор ответил на это «Обращением к христианскому дворянству немецкой нации», которое было издано невиданным четырехтысячным тиражом и разошлось мгновенно. В этом обращении он утверждал, что священники не являются особыми людьми, так как, согласно Библии, все верующие принадлежат к священству. Он напоминал, что истинная Реформация начинается в сердце человека. 15 июня 1520 года Папа Римский Лев Х подписал послание, в котором предоставлял Мартину Лютеру 60 дней, чтобы отказаться от своих слов, и приказывал сжечь все его работы. Однако огласить это послание папские посланники смогли лишь в некоторых городах, потому что едва уносили ноги от возмущенной толпы. Весной 1521 года Мартин Лютер по приказанию императора явился на Вормсский сейм. От него снова потребовали отречения от своих тезисов. Тогда он сказал, что если его не переубедят на основании Библии, то он никогда не откажется от своих взглядов. Император никак не мог возразить, однако приговорил его к изгнанию. Мартин Лютер спрятался в замке саксонского друга Фридриха Мудрого и начал работу над переводом Библии на немецкий язык. Учение Лютера можно выразить следующими принципами: